怎么用python批量切割天然产物获得子结构

要用Python批量切割天然产物获得子结构，可以使用RDKit这个Python模块。以下是一个示例代码，可以将一个包含多个天然产物的SDF文件批量处理，将每个化合物的子结构提取出来，并保存到单独的SDF文件中。

from rdkit import Chem

# 读取包含多个天然产物的SDF文件
suppl = Chem.SDMolSupplier('natural_products.sdf')

# 遍历每个化合物
for mol in suppl:
    # 获取化合物名称
    name = mol.GetProp('_Name')
    # 遍历化合物中的每个子结构
    for submol in mol.GetSubstructMatches(Chem.MolFromSmarts('[CX4][CX4H]')):
        # 提取子结构
        submol = Chem.PathToSubmol(mol, submol)
        # 保存子结构到单独的SDF文件中
        writer = Chem.SDWriter(f'{name}_{submol.GetProp("_Name")}.sdf')
        writer.write(submol)
        writer.close()

在这个示例代码中，我们使用了RDKit中的`Chem.SDMolSupplier`来读取SDF文件，并通过`GetSubstructMatches`方法找到每个化合物中的目标子结构。然后，我们使用`PathToSubmol`方法将子结构提取出来，并使用`Chem.SDWriter`将其保存到单独的SDF文件中。需要注意的是，我们使用了子结构中的`_Name`属性作为保存文件的名称，因此需要保证目标子结构的`_Name`属性已经正确设置。