Traceback (most recent call last): File "structure_analysis3.py", line 18, in <module> similarity = 1.0 - np.abs(dist_matrix1 - dist_matrix2).sum() / dist_matrix1.size ValueError: operands could not be broadcast together with shapes (704,) (696,)

这个错误通常是由于两个 NumPy 数组的形状不兼容所致。在你的代码中，你正在尝试使用 np.abs() 函数计算两个距离矩阵的差异，但是这两个矩阵的形状不同，导致了这个错误。

要解决这个问题，你需要检查一下这两个距离矩阵的形状是否相同。如果不同，你可以尝试对其中一个矩阵进行转置或重塑，以使它们的形状相同。另外，你还需要确保这两个矩阵中的元素的数据类型相同，否则也可能会出现类似的错误。