高性能计算机作业含shell指令的MPI作业提交

对于含有shell指令的MPI作业，可以使用MPI的system调用来执行shell指令。下面是一个示例的作业提交脚本：

#!/bin/bash
#PBS -N my_mpi_job
#PBS -l nodes=4:ppn=20
#PBS -l walltime=01:00:00

# Load required modules
module load openmpi

# Change to working directory
cd $PBS_O_WORKDIR

# Run MPI job
mpirun -np 80 ./my_mpi_executable > output.txt

# Execute shell commands
system("echo 'Hello world!' >> output.txt")

在这个脚本中，我们使用了PBS作业调度系统，指定了作业名、节点数、核心数和运行时间。然后加载了openmpi模块，并切换到工作目录下。接着，使用mpirun来运行MPI可执行文件，并将输出重定向到output.txt文件中。最后，使用MPI的system调用来执行shell指令，将“Hello world!”写入output.txt文件中。

需要注意的是，MPI的system调用只能在MPI进程中执行，而不能在调用mpiexec或mpirun的进程中执行。如果想要执行shell指令，需要在MPI进程中调用system函数。