limma 差异表达 火山图

limma（linear models for microarray data）是用于差异基因表达分析的一种统计方法，常用于基因芯片分析。火山图是一种常见的可视化工具，用于展示基因表达水平的差异和统计显著性。

火山图的横坐标表示基因的表达差异程度，通常使用log2-fold change（对数折变）来表示。纵坐标表示统计显著性，常用-p值或q值（如FDR或Benjamini-Hochberg校正后的q值）来表示。图中每一个点代表一个基因，点的位置和颜色可以反映基因的差异表达情况。

在limma差异表达分析中，每个基因的差异表达程度和统计显著性都可以通过逐个基因的线性模型计算得出。火山图可以将这些结果可视化，帮助我们快速地发现表达差异显著的基因。

在火山图中，显著性较高的基因通常会位于图的左右两侧，这些基因具有较大的差异表达和较低的p值（或q值）。而位于图的中央的基因则具有较小的差异和较高的p值（或q值）。

通过观察火山图，我们可以快速发现差异表达显著的基因。同时，我们也可以结合生物学背景知识和其他分析结果，进一步探究这些差异表达基因的功能和生物学意义。

总之，limma差异表达火山图是一种直观、可视化的分析工具，能够帮助研究人员快速、准确地发现差异基因。