生存分析怎么用R语言绘制cd40的log-log图,模型是model1 <- coxph(Surv(days, cens) ~ factor(arms) + cd40 + age + wtkg + homo + race + gender, data = data)

时间: 2023-12-23 09:01:56 浏览: 30
要绘制cd40的log-log图,你需要首先计算模型的残差。可以使用survfit()函数来计算模型的残差,然后使用plot()函数绘制log-log图。 下面是一个简单的例子: ```R # 计算模型的残差 residuals <- residuals(model1, type="deviance") # 计算生存概率 surv_prob <- survfit(Surv(days, cens) ~ residuals) # 绘制log-log图 plot(surv_prob, log="xy", xlab="Time", ylab="-log(Survival Probability)", main="CD40 Survival Probability") ``` 在上面的例子中,我们首先使用residuals()函数计算模型的残差。然后,我们使用survfit()函数计算基于残差的生存概率。最后,我们使用plot()函数绘制log-log图,并且将x轴和y轴的刻度都转换为对数刻度。xlab和ylab参数用来添加x轴和y轴的标签,main参数用来添加图标题。 希望对你有所帮助!
相关问题

怎么绘制cd40的log-log图,模型是model1 <- coxph(Surv(days, cens) ~ factor(arms) + cd40 + age + wtkg + homo + race + gender, data = data)

要绘制 cd40 变量的 log-log 图,可以按照以下步骤进行操作: 1. 使用 `resid` 函数获取 Cox 模型的残差: ``` resid1 <- resid(model1, type = "scaledsch") ``` 2. 使用 `ggplot2` 包绘制 log-log 图: ``` library(ggplot2) ggplot(data.frame(x = model1$time, y = resid1), aes(x = log(model1$time), y = log(-log(resid1)))) + geom_point() + xlab("log(Time)") + ylab("log(-log(Survival Probability))") + ggtitle("Log-Log Plot of CD40") ``` 其中,`model1$time` 表示 Cox 模型中的时间变量,`resid1` 表示 Cox 模型的残差,`log(-log(resid1))` 表示 Cox 模型的 log(-log) 残差。在图中,横轴为 log(Time),纵轴为 log(-log(Survival Probability)),每个点表示一个观测值的残差。

model1 <- coxph(Surv(days, cens) ~ factor(arms) + cd40 + age + wtkg + homo + race + gender, data = data)这是我的模型,我需要绘制log-log图以检验age的PH假设

要绘制log-log图以检验age的PH假设,可以先在R中安装和加载survival包。然后使用survfit函数在已拟合的Cox模型上计算Kaplan-Meier曲线,并使用survdiff函数进行对数-对数图检验。 下面是绘制log-log图的代码示例: ```{r} library(survival) # 计算Kaplan-Meier曲线 fit <- survfit(model1) # 绘制对数-对数图 plot(log(-log(fit$surv)), log(fit$n.risk), type="l", xlab="log(-log(survival))", ylab="log(n.risk)", main="Log-Log plot for PH assumption") # 添加水平参考线 abline(h=log(model1$nevent/10), col="red") ``` 在图中,红色的水平参考线表示事件数的10分之1,可以根据实际情况进行修改。如果age符合PH假设,那么对数-对数图应该显示为一条水平的直线。如果它是一个倾斜的曲线,那么就意味着age可能不符合PH假设。

相关推荐

最新推荐

recommend-type

微信小程序-番茄时钟源码

微信小程序番茄时钟的源码,支持进一步的修改。番茄钟,指的是把工作任务分解成半小时左右,集中精力工作25分钟后休息5分钟,如此视作种一个“番茄”,而“番茄工作法”的流程能使下一个30分钟更有动力。
recommend-type

激光雷达专题研究:迈向高阶智能化关键,前瞻布局把握行业脉搏.pdf

电子元件 电子行业 行业分析 数据分析 数据报告 行业报告
recommend-type

安享智慧理财测试项目Mock服务代码

安享智慧理财测试项目Mock服务代码
recommend-type

课程设计 基于SparkMLlib的ALS算法的电影推荐系统源码+详细文档+全部数据齐全.zip

【资源说明】 课程设计 基于SparkMLlib的ALS算法的电影推荐系统源码+详细文档+全部数据齐全.zip课程设计 基于SparkMLlib的ALS算法的电影推荐系统源码+详细文档+全部数据齐全.zip 【备注】 1、该项目是高分毕业设计项目源码,已获导师指导认可通过,答辩评审分达到95分 2、该资源内项目代码都经过测试运行成功,功能ok的情况下才上传的,请放心下载使用! 3、本项目适合计算机相关专业(如软件工程、计科、人工智能、通信工程、自动化、电子信息等)的在校学生、老师或者企业员工下载使用,也可作为毕业设计、课程设计、作业、项目初期立项演示等,当然也适合小白学习进阶。 4、如果基础还行,可以在此代码基础上进行修改,以实现其他功能,也可直接用于毕设、课设、作业等。 欢迎下载,沟通交流,互相学习,共同进步!
recommend-type

华中科技大学电信专业 课程资料 作业 代码 实验报告-雷达与信息对抗-内含源码和说明书.zip

华中科技大学电信专业 课程资料 作业 代码 实验报告-雷达与信息对抗-内含源码和说明书.zip
recommend-type

zigbee-cluster-library-specification

最新的zigbee-cluster-library-specification说明文档。
recommend-type

管理建模和仿真的文件

管理Boualem Benatallah引用此版本:布阿利姆·贝纳塔拉。管理建模和仿真。约瑟夫-傅立叶大学-格勒诺布尔第一大学,1996年。法语。NNT:电话:00345357HAL ID:电话:00345357https://theses.hal.science/tel-003453572008年12月9日提交HAL是一个多学科的开放存取档案馆,用于存放和传播科学研究论文,无论它们是否被公开。论文可以来自法国或国外的教学和研究机构,也可以来自公共或私人研究中心。L’archive ouverte pluridisciplinaire
recommend-type

实现实时数据湖架构:Kafka与Hive集成

![实现实时数据湖架构:Kafka与Hive集成](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/10eb2e6972b3b6086286fc64c0b3ee41.jpeg) # 1. 实时数据湖架构概述** 实时数据湖是一种现代数据管理架构,它允许企业以低延迟的方式收集、存储和处理大量数据。与传统数据仓库不同,实时数据湖不依赖于预先定义的模式,而是采用灵活的架构,可以处理各种数据类型和格式。这种架构为企业提供了以下优势: - **实时洞察:**实时数据湖允许企业访问最新的数据,从而做出更明智的决策。 - **数据民主化:**实时数据湖使各种利益相关者都可
recommend-type

用 Python 画一个可以动的爱心

好的,我可以帮助您使用Python来绘制一个动态的爱心。您可以使用turtle库来实现。以下是实现代码: ```python import turtle import math # 设置画布和画笔 canvas = turtle.Screen() canvas.bgcolor("black") pencil = turtle.Turtle() pencil.speed(0) pencil.color("red", "pink") pencil.pensize(3) # 定义爱心函数 def draw_love(heart_size, x_offset=0, y_offset=0):
recommend-type

JSBSim Reference Manual

JSBSim参考手册,其中包含JSBSim简介,JSBSim配置文件xml的编写语法,编程手册以及一些应用实例等。其中有部分内容还没有写完,估计有生之年很难看到完整版了,但是内容还是很有参考价值的。