编写一个Application程序，分别判断 Java 文件名与E-mail地址格式是否正确，主方法中完成输入文件名和E-mail地址，并输出测试的结果，判断Java 文件名与E-mail地址格式是否正确的功能分别由两个独立的方法来完成。

好的，这是一个编程类的问题，我可以回答。以下是一个示例代码，用于判断Java文件名和E-mail地址格式是否正确：

import java.util.regex.Matcher;
import java.util.regex.Pattern;

public class Application {

    public static void main(String[] args) {
        String fileName = "example.java";
        String email = "example@example.com";

        boolean isJavaFileNameValid = isJavaFileNameValid(fileName);
        boolean isEmailValid = isEmailValid(email);

        System.out.println("Java文件名格式是否正确：" + isJavaFileNameValid);
        System.out.println("E-mail地址格式是否正确：" + isEmailValid);
    }

    public static boolean isJavaFileNameValid(String fileName) {
        String regex = "^[a-zA-Z][a-zA-Z0-9]*\\.java$";
        Pattern pattern = Pattern.compile(regex);
        Matcher matcher = pattern.matcher(fileName);
        return matcher.matches();
    }

    public static boolean isEmailValid(String email) {
        String regex = "^[a-zA-Z0-9._%+-]+@[a-zA-Z0-9.-]+\\.[a-zA-Z]{2,}$";
        Pattern pattern = Pattern.compile(regex);
        Matcher matcher = pattern.matcher(email);
        return matcher.matches();
    }
}

在这个示例代码中，我们使用了正则表达式来判断Java文件名和E-mail地址格式是否正确。isJavaFileNameValid方法用于判断Java文件名格式是否正确，isEmailValid方法用于判断E-mail地址格式是否正确。在主方法中，我们输入了一个Java文件名和一个E-mail地址，并输出了测试结果。