cafe5 clade_and_size_filter.py

cafe5 clade_and_size_filter.py是一个用Python编写的程序文件，用于筛选特定分类单元（clade）和尺寸的咖啡店数据。

该程序主要通过读取一个数据集，该数据集包含了不同咖啡店的信息，包括店名、地址、分类单元和尺寸等等。然后，根据用户设定的条件对这些咖啡店进行筛选和过滤，最终返回符合条件的咖啡店数据。

在程序中，用户可以选择指定感兴趣的咖啡店的分类单元，例如可以设定只筛选国际连锁咖啡店，或者只筛选本地小型咖啡店等等。此外，用户还可以设定咖啡店的最小和最大尺寸范围，以进一步缩小筛选范围。

程序将根据用户设定的条件遍历数据集中的每个咖啡店，逐个进行判断和比较。只有当咖啡店的分类单元和尺寸都满足用户的条件时，该咖啡店的信息才会被保存下来。

最后，程序将返回一个符合条件的咖啡店列表，其中包含了满足用户设定的分类单元和尺寸的咖啡店信息。

总之，cafe5 clade_and_size_filter.py是一个用于筛选特定分类单元和尺寸的咖啡店数据的程序，应用于咖啡店数据集的分析和筛选中。

相关问题

请帮我写一段按照一棵物种树分支顺序重新批量排序多个基因树分支的python代码。物种树是/ifs1/User/dengwei/NTF_data/rotted_species_tree/species_tree.treefile 。基因树文件储存在/ifs1/User/dengwei/NTF_data/rotted_gene_tree。重排序后的基因树储存在/ifs1/User/dengwei/NTF_data/recorder_gene_tree

当然，我可以帮你写一个用于按照物种树分支顺序重新批量排序多个基因树分支的Python代码。以下是一个示例代码：

import os
from Bio import Phylo

# 定义物种树文件路径
species_tree_file = '/ifs1/User/dengwei/NTF_data/rotted_species_tree/species_tree.treefile'

# 定义基因树文件夹路径和重排序后的基因树保存路径
gene_tree_folder = '/ifs1/User/dengwei/NTF_data/rotted_gene_tree'
recorder_gene_tree_folder = '/ifs1/User/dengwei/NTF_data/recorder_gene_tree'

# 读取物种树
species_tree = Phylo.read(species_tree_file, 'newick')

# 获取物种树的分支顺序
species_order = []
for clade in species_tree.find_clades(order='level'):
    if clade.name:
        species_order.append(clade.name)

# 遍历基因树文件夹中的所有文件
for file_name in os.listdir(gene_tree_folder):
    if file_name.endswith('.treefile'):
        gene_tree_file = os.path.join(gene_tree_folder, file_name)
        gene_tree = Phylo.read(gene_tree_file, 'newick')

        # 根据物种树分支顺序重新排序基因树
        sorted_gene_tree = Phylo.BaseTree.TreeMixin(gene_tree)
        sorted_gene_clades = []

        for species_name in species_order:
            for clade in gene_tree.find_clades():
                if clade.name and species_name in clade.name:
                    sorted_gene_clades.append(clade)
                    break

        sorted_gene_tree.clade.clades = sorted_gene_clades

        # 保存重排序后的基因树
        recorder_gene_tree_file = os.path.join(recorder_gene_tree_folder, file_name)
        Phylo.write(sorted_gene_tree, recorder_gene_tree_file, 'newick')

        print(f"重排序后的基因树已保存至 {recorder_gene_tree_file}")

请确保你已经安装了 `biopython` 库，可以使用以下命令进行安装：

pip install biopython

上述代码将根据物种树的分支顺序，逐个读取基因树文件，重新排序每个基因树的分支，并将结果保存到指定的文件夹中。你可以将代码中的文件路径更改为你自己的路径。

注意：这只是一个示例代码，具体实现可能需要根据你的数据格式和需求进行调整。

Traceback (most recent call last): File "<stdin>", line 6, in <module> TypeError: TreeMixin() takes no arguments

抱歉，我之前提供的代码中存在错误。在使用 `TreeMixin` 类时，不需要传入参数。以下是修正后的代码：

import os
from Bio import Phylo

# 定义物种树文件路径
species_tree_file = '/ifs1/User/dengwei/NTF_data/rotted_species_tree/species_tree.treefile'

# 定义基因树文件夹路径和重排序后的基因树保存路径
gene_tree_folder = '/ifs1/User/dengwei/NTF_data/rotted_gene_tree'
recorder_gene_tree_folder = '/ifs1/User/dengwei/NTF_data/recorder_gene_tree'

# 读取物种树
species_tree = Phylo.read(species_tree_file, 'newick')

# 获取物种树的分支顺序
species_order = []
for clade in species_tree.find_clades(order='level'):
    if clade.name:
        species_order.append(clade.name)

# 遍历基因树文件夹中的所有文件
for file_name in os.listdir(gene_tree_folder):
    if file_name.endswith('.treefile'):
        gene_tree_file = os.path.join(gene_tree_folder, file_name)
        gene_tree = Phylo.read(gene_tree_file, 'newick')

        # 根据物种树分支顺序重新排序基因树
        sorted_gene_tree = gene_tree.__class__(gene_tree)
        sorted_gene_clades = []

        for species_name in species_order:
            for clade in gene_tree.find_clades():
                if clade.name and species_name in clade.name:
                    sorted_gene_clades.append(clade)
                    break

        sorted_gene_tree.clade.clades = sorted_gene_clades

        # 保存重排序后的基因树
        recorder_gene_tree_file = os.path.join(recorder_gene_tree_folder, file_name)
        Phylo.write(sorted_gene_tree, recorder_gene_tree_file, 'newick')

        print(f"重排序后的基因树已保存至 {recorder_gene_tree_file}")

请尝试使用修正后的代码，如果还有其他问题，请随时告诉我。