python绘制基因结构图_使用Python绘制GWAS分析中的曼哈顿图和QQ图

可以使用Python的matplotlib库绘制GWAS分析中的曼哈顿图和QQ图。下面是简单的代码示例：

绘制曼哈顿图：

import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt

# 读取数据
data = pd.read_csv('gwas_results.csv')

# 计算-log10(P值)
data['logp'] = -1 * np.log10(data['pvalue'])

# 创建绘图窗口
fig, ax = plt.subplots(figsize=(10, 6))

# 绘制曼哈顿图
ax.scatter(data['chr'], data['logp'], c=data['logp'], cmap='coolwarm')
ax.axhline(-np.log10(0.05/data.shape[0]), color='gray', linestyle='--')
ax.set_xlabel('Chromosome')
ax.set_ylabel('-log10(P-value)')

plt.show()

绘制QQ图：

import scipy.stats as stats

# 计算标准化残差
data['std_resid'] = stats.zscore(stats.norm.ppf(1 - data['pvalue']/2))

# 创建绘图窗口
fig, ax = plt.subplots(figsize=(6, 6))

# 绘制QQ图
ax.scatter(stats.norm.ppf((np.arange(data.shape[0])+1)/(data.shape[0]+1)),
           data['std_resid'], color='blue', alpha=0.5)
ax.plot([-4, 4], [-4, 4], color='gray', linestyle='--')
ax.set_xlabel('Theoretical Quantiles')
ax.set_ylabel('Standardized Residuals')

plt.show()

其中，`gwas_results.csv`是GWAS结果文件，包含变量`chr`（染色体）、`pvalue`（P值）等。