写一个统计contig长度的脚本

你好，这个问题是可以回答的。以下是一个统计 contig 长度的脚本示例：

#!/bin/bash

# 输入文件为 fasta 格式的 contig 序列文件
input_file="contigs.fasta"

# 统计 contig 长度的命令
awk '/^>/ {if (seqlen){print seqlen}; print ;seqlen=;next; } { seqlen += length($)}END{print seqlen}' $input_file

这个脚本使用 awk 命令来统计 contig 的长度，输入文件为 fasta 格式的 contig 序列文件。脚本会输出每个 contig 的长度以及总长度。希望对你有帮助。