python统计CONTCAR所有原子之间的键长，并输出结果为CSV表格

您可以使用Python中的pymatgen库来读取CONTCAR文件，并计算其中所有原子之间的键长。以下是示例代码：

from pymatgen.io.vasp.inputs import Poscar
from pymatgen.analysis.ewald import EwaldSummation
import csv

# 读取CONTCAR文件
poscar = Poscar.from_file('CONTCAR')

# 使用EwaldSummation计算键长
ewald = EwaldSummation(poscar.structure)
distances = ewald.get_all_distances()

# 将键长写入CSV文件
with open('distances.csv', 'w', newline='') as csvfile:
    writer = csv.writer(csvfile)
    writer.writerow(['Atom 1', 'Atom 2', 'Distance'])
    for i in range(len(distances)):
        for j in range(i+1, len(distances)):
            writer.writerow([poscar.site_symbols[i],
                             poscar.site_symbols[j],
                             distances[i][j]])

这段代码将CONTCAR文件读取为Pymatgen的Poscar对象，并使用EwaldSummation计算了其中所有原子之间的键长。最后，结果被写入CSV文件中，其中第一列和第二列是键中涉及的原子符号，第三列是键长（以埃为单位）。请注意，这里假设CONTCAR文件中的原子顺序与POSCAR文件中的原子顺序相同。如果不是，则需要进行相应的调整。