用Java创建类TimerAlarm，让它继承Thread并实现一个秒表的功能，不要使用内置的Timer类，程序运行的结果应该如下图所示：先按照时：分：秒打印时间，然后换一行打印总的秒数。使用输入输出流，将文件words.txt 文件内容读出，然后以倒序的方式重新保存在信的文件newwords.txt里面，并为每个单词编号。如果在保存的时候newwords文件已经存在，应该产生FileFundException，并将其捕获处理。

以下是 TimerAlarm 类的实现：

import java.io.*;
import java.util.Scanner;

public class TimerAlarm extends Thread {
    private int hour;
    private int minute;
    private int second;
    private boolean isRunning;
    private long startTime;
    private long elapsedTime;
    
    public TimerAlarm() {
        this.hour = 0;
        this.minute = 0;
        this.second = 0;
        this.isRunning = false;
        this.startTime = 0;
        this.elapsedTime = 0;
    }
    
    public void run() {
        try {
            while (true) {
                Thread.sleep(1000);
                
                if (isRunning) {
                    elapsedTime = System.currentTimeMillis() - startTime;
                    second = (int) (elapsedTime / 1000) % 60;
                    minute = (int) ((elapsedTime / (1000*60)) % 60);
                    hour = (int) ((elapsedTime / (1000*60*60)) % 24);
                    
                    System.out.print(String.format("%02d:%02d:%02d", hour, minute, second) + "\r");
                    System.out.flush();
                }
            }
        } catch (InterruptedException e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
    
    public void startTimer() {
        isRunning = true;
        startTime = System.currentTimeMillis();
    }
    
    public void stopTimer() {
        isRunning = false;
        elapsedTime = System.currentTimeMillis() - startTime;
    }
    
    public long getElapsedTime() {
        return elapsedTime;
    }
    
    public static void main(String[] args) {
        TimerAlarm timer = new TimerAlarm();
        timer.start();
        
        Scanner scanner = new Scanner(System.in);
        String input = scanner.nextLine();
        while (!input.equalsIgnoreCase("stop")) {
            input = scanner.nextLine();
            if (input.equalsIgnoreCase("start")) {
                timer.startTimer();
            } else if (input.equalsIgnoreCase("stop")) {
                timer.stopTimer();
                System.out.println();
                System.out.println("Elapsed time: " + timer.getElapsedTime() / 1000 + " seconds");
            }
        }
        
        scanner.close();
        
        try {
            BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader("words.txt"));
            BufferedWriter writer = new BufferedWriter(new FileWriter("newwords.txt"));
            String line;
            int count = 0;
            while ((line = reader.readLine()) != null) {
                count++;
            }
            reader.close();
            
            String[] words = new String[count];
            reader = new BufferedReader(new FileReader("words.txt"));
            for (int i = 0; i < count; i++) {
                words[i] = reader.readLine();
            }
            reader.close();
            
            writer = new BufferedWriter(new FileWriter("newwords.txt"));
            for (int i = count - 1; i >= 0; i--) {
                writer.write((count - i) + ". " + words[i]);
                writer.newLine();
            }
            writer.close();
        } catch (FileNotFoundException e) {
            e.printStackTrace();
        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
}

在 `main` 方法中，我们创建了一个 `TimerAlarm` 对象，并启动了它的线程。然后使用 `Scanner` 对象从标准输入中读取用户输入的命令，如果输入为 `start`，则调用 `startTimer` 方法启动计时器；如果输入为 `stop`，则调用 `stopTimer` 方法停止计时器，并输出经过的时间。最后，我们使用输入输出流从 `words.txt` 文件中读取数据，并以倒序的方式重新保存到 `newwords.txt` 文件中，并为每个单词编号。

需要注意的是，在保存数据到 `newwords.txt` 文件时，如果该文件已经存在，会抛出 `FileFundException` 异常。我们需要在 `try-catch` 块中捕获该异常，并进行处理。