linux下载安装LEfSe

在Linux上下载安装LEfSe，你可以通过Docker来完成这个过程。首先，确保你已经在Linux上安装好了Docker。然后，使用以下命令下载LEfSe的镜像文件：

docker run -it biobakery/lefse bash

这将启动LEfSe的Docker镜像，并进入bash终端。接下来，你可以将主机中的文件夹挂载到镜像中，以便可以在镜像中访问主机中的文件夹。例如，将主机中的Data文件夹挂载到镜像中：

docker run -it -v /home/dock/Data:/shared biobakery/lefse /bin/bash

接下来，根据LEfSe的要求，将数据文件转换为LEfSe所需的格式。使用以下命令将hmp_aerobiosis_small.txt文件转换为hmp_aerobiosis_small.in文件：

format_input.py hmp_aerobiosis_small.txt hmp_aerobiosis_small.in -c 1 -s 2 -u 3 -o 1000000

然后，可以运行LEfSe进行LDA effect size分析。使用以下命令运行LEfSe分析：

run_lefse.py hmp_aerobiosis_small.in hmp_aerobiosis_small.res

最后，你可以使用以下命令绘制LEfSe结果的图表：

plot_res.py hmp_aerobiosis_small.res hmp_aerobiosis_small.png

请注意，有时候format_input.py命令可能无法找到，可能需要使用lefse-format_input.py命令。另外，如果你想设置LDA effect size的阈值，请参考引用中的示例。