以SRA数据库中DRP003950数据集为练习对象。该数据集使用Tamoxifen处理MCF-7细胞系，分别测定了1到12周处理组和对照组的表达谱。为简单起见，本实验仅要求比较处理一周后MCF-7表达谱的变化情况，使用Hisat2进行序列比对，使用subread包进行基因转录水平定量

好的，这是一个具体的数据分析任务。根据描述，以下是数据分析的步骤：

1. 下载并准备数据

首先，我们需要从SRA数据库下载DRP003950数据集中1周处理组的fastq文件。在本例中，下载的文件名为SRR1042867.fastq.gz。接着，我们需要下载并准备参考基因组文件，例如，使用Ensembl或NCBI等数据库下载人类基因组fasta文件和基因注释文件（gff3或gtf格式）。在本例中，我们使用GRCh38版本的人类基因组fasta和gff3文件（文件名分别为GRCh38.fasta和GRCh38.gff3）。

2. 序列比对

接下来，我们需要使用Hisat2进行序列比对。首先，我们需要构建索引文件，以便Hisat2在比对时可以快速查找参考基因组的信息。使用以下命令生成索引文件：

hisat2-build -p 4 GRCh38.fasta GRCh38_index

其中，-p参数指定使用的线程数，GRCh38.fasta为参考基因组文件，GRCh38_index为生成的索引文件名。

接着，我们可以使用以下命令进行序列比对：

hisat2 -p 4 -x GRCh38_index -U SRR1042867.fastq.gz -S SRR1042867.sam

其中，-p参数指定使用的线程数，-x参数指定使用的索引文件，-U参数指定输入的fastq文件，-S参数指定输出的sam文件。

3. 转录本定量

最后，我们需要使用subread包进行基因转录水平定量。我们可以使用以下命令进行转录本定量：

featureCounts -T 4 -a GRCh38.gff3 -o counts.txt SRR1042867.sam

其中，-T参数指定使用的线程数，-a参数指定基因注释文件，-o参数指定输出文件名，SRR1042867.sam为上一步Hisat2比对得到的sam文件。

这样，我们就完成了1周处理组MCF-7表达谱的变化情况分析。需要注意的是，这仅仅是一个简单的流程示例，具体的数据分析过程可能因实验设计、数据量、数据质量等因素而有所不同。