r画聚类热图heatmap
时间: 2023-06-29 21:14:23 浏览: 184
R语言热图complexheatmap脚本
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要使用R来画聚类热图,需要使用heatmap函数。以下是一个简单的例子:
```R
# 创建一个数据框
data <- matrix(rnorm(100), nrow=10)
rownames(data) <- c("A", "B", "C", "D", "E", "F", "G", "H", "I", "J")
colnames(data) <- c("1", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10")
# 使用heatmap函数画聚类热图
heatmap(data, Rowv=TRUE, Colv=TRUE, col = cm.colors(256), scale="column")
```
在这个例子中,我们创建了一个10行10列的数据矩阵,并使用heatmap函数来画聚类热图。Rowv和Colv参数分别表示行和列的聚类方式,这里都设置为TRUE表示进行聚类。col参数表示颜色映射,这里使用了默认的颜色映射。scale参数表示是否对数据进行行或列的标准化,这里我们对列进行了标准化。
你可以根据自己的数据和需求来修改这个例子中的参数和数据。
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