Error in file(file, ifelse(append, "a", "w")) : cannot open the connection In addition: Warning message: In file(file, ifelse(append, "a", "w")) : cannot open file 'mRNA.diff.xls': Permission denied

这个错误消息表示无法打开文件连接，因为没有权限。可能有以下几种原因导致这个错误：

1. 文件路径错误：请确保文件路径正确，并且文件存在于指定的路径中。

2. 权限不足：检查你是否对该文件具有读写权限。如果没有权限，你可以尝试使用管理员权限运行R或联系系统管理员来获取适当的权限。

3. 文件被其他程序占用：如果文件正在被其他程序打开或占用，那么R无法访问该文件。请确保没有其他程序正在使用该文件，或者关闭其他程序后再尝试运行R。

请仔细检查文件路径和权限，并确保文件没有被其他程序占用。如果问题仍然存在，请提供更多详细的信息，以便我能够更好地帮助你解决问题。