这段代码在运行时import SimpleITK as sitkimport numpy as npimport os# 设置文件路径data_path = 'C:/Users/Administrator/Desktop/LiTS2017/'save_path = 'C:/Users/Administrator/Desktop/2D-LiTS2017/'if not os.path.exists(save_path): os.makedirs(save_path)# 定义函数将3D图像保存为2D的.png格式def save_image_as_png(image, save_folder, name_prefix): for i in range(image.shape[2]): slice = np.squeeze(image[:, :, i]) slice = slice.astype(np.float32) slice *= 255.0/slice.max() slice = slice.astype(np.uint8) save_name = os.path.join(save_folder, name_prefix + '_' + str(i) + '.png') sitk.WriteImage(sitk.GetImageFromArray(slice), save_name)# 读取Training Batch 1中的图像image_path = os.path.join(data_path, 'Training Batch 1/volume-0.nii')image = sitk.ReadImage(image_path)image_array = sitk.GetArrayFromImage(image)save_folder = os.path.join(save_path, 'image')if not os.path.exists(save_folder): os.makedirs(save_folder)save_image_as_png(image_array, save_folder, 'img')# 读取Training Batch 2中的标签label_path = os.path.join(data_path, 'Training Batch 2/segmentation-0.nii')label = sitk.ReadImage(label_path)label_array = sitk.GetArrayFromImage(label)# 将标签转换为灰度图并保存label_array[label_array == 1] = 128label_array[label_array == 2] = 255save_folder = os.path.join(save_path, 'mask')if not os.path.exists(save_folder): os.makedirs(save_folder)save_image_as_png(label_array, save_folder, 'mask')会出现RuntimeWarning: divide by zero encountered in true_divide slice *= 255.0/slice.max()这种情况,修复它

时间: 2023-11-22 09:56:16 浏览: 94
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python导入csv文件出现SyntaxError问题分析

这个 RuntimeWarning 出现的原因是可能存在某些切片上所有像素都是 0,导致在计算 `slice.max()` 时出现了除以 0 的情况。解决这个问题的方法是在计算 `slice.max()` 之前,先判断 `slice` 是否全为 0,如果是,则将 `slice.max()` 设为 1。修改代码如下: ```python def save_image_as_png(image, save_folder, name_prefix): for i in range(image.shape[2]): slice = np.squeeze(image[:, :, i]) slice = slice.astype(np.float32) if slice.max() == 0: max_val = 1 else: max_val = slice.max() slice *= 255.0/max_val slice = slice.astype(np.uint8) save_name = os.path.join(save_folder, name_prefix + '_' + str(i) + '.png') sitk.WriteImage(sitk.GetImageFromArray(slice), save_name) ``` 这样修改后,即使出现某些切片上所有像素都是 0 的情况,也不会出现除以 0 的错误了。
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此代码import os import numpy as np from PIL import Image def process_image(image_path, save_path): # 读取nii文件 image_array = np.load(image_path).astype(np.float32) # 归一化到0-255之间 image_array = (image_array - np.min(image_array)) / (np.max(image_array) - np.min(image_array)) * 255 # 将数据类型转换为uint8 image_array = image_array.astype(np.uint8) # 将三维图像分成若干个二维图像 for i in range(image_array.shape[0]): image = Image.fromarray(image_array[i]) image.save(os.path.join(save_path, f"{i}.png")) def process_label(label_path, save_path): # 读取nii文件 label_array = np.load(label_path).astype(np.uint8) # 将标签转换为灰度图 label_array[label_array == 1] = 255 label_array[label_array == 2] = 128 # 将三维标签分成若干个二维标签 for i in range(label_array.shape[0]): label = Image.fromarray(label_array[i]) label.save(os.path.join(save_path, f"{i}.png")) # LiTS2017数据集路径 data_path = "C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\LiTS2017" # 保存路径 save_path = "C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\2D-LiTS2017" # 创建保存路径 os.makedirs(save_path, exist_ok=True) os.makedirs(os.path.join(save_path, "image"), exist_ok=True) os.makedirs(os.path.join(save_path, "mask"), exist_ok=True) # 处理Training Batch 1 image_path = os.path.join(data_path, "Training Batch 1", "volume-{}.npy") for i in range(131): process_image(image_path.format(i), os.path.join(save_path, "image")) # 处理Training Batch 2 label_path = os.path.join(data_path, "Training Batch 2", "segmentation-{}.npy") for i in range(131): process_label(label_path.format(i), os.path.join(save_path, "mask"))出现FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\LiTS2017\\Training Batch 1\\volume-0.npy',修复它,并给出完整代码

代码import os import numpy as np import nibabel as nib from PIL import Image # 创建保存路径 save_path = 'C:/Users/Administrator/Desktop/2D-LiTS2017' if not os.path.exists(save_path): os.makedirs(save_path) if not os.path.exists(os.path.join(save_path, 'image')): os.makedirs(os.path.join(save_path, 'image')) if not os.path.exists(os.path.join(save_path, 'label')): os.makedirs(os.path.join(save_path, 'label')) # 加载数据集 data_path = 'D:/BaiduNetdiskDownload/LiTS2017' img_path = os.path.join(data_path, 'Training Batch 1') label_path = os.path.join(data_path, 'Training Batch 2') # 转换图像 for file in sorted(os.listdir(img_path)): if file.endswith('.nii'): img_file = os.path.join(img_path, file) img = nib.load(img_file).get_fdata() img = np.transpose(img, (2, 0, 1)) # 转换为z, x, y for i in range(img.shape[0]): img_slice = img[i, :, :] img_slice = (img_slice - np.min(img_slice)) / (np.max(img_slice) - np.min(img_slice)) * 255 # 归一化到0-255 img_slice = img_slice.astype(np.uint8) img_slice = np.stack([img_slice]*3, axis=2) # 转换为三通道图像 img_name = file[:-4] + '' + str(i).zfill(3) + '.png' img_file_save = os.path.join(save_path, 'image', img_name) Image.fromarray(img_slice).save(img_file_save) # 转换标签 for file in sorted(os.listdir(label_path)): if file.endswith('.nii'): label_file = os.path.join(label_path, file) label = nib.load(label_file).get_fdata() label = np.transpose(label, (2, 0, 1)) # 转换为z, x, y for i in range(label.shape[0]): label_slice = label[i, :, :] label_slice[label_slice == 1] = 255 # 肝脏灰度值设为255 label_slice[label_slice == 2] = 128 # 肝脏肿瘤灰度值设为128 label_slice = label_slice.astype(np.uint8) label_name = file[:-4] + '' + str(i).zfill(3) + '.png' label_file_save = os.path.join(save_path, 'label', label_name) Image.fromarray(label_slice).save(label_file_save)出现scaled = scaled.astype(np.promote_types(scaled.dtype, dtype), copy=False) MemoryError错误,怎么修改?给出完整代码

代码出现上述问题,完整代码如下import tensorflow as tf from tensorflow.keras.models import Sequential from tensorflow.keras.layers import Conv2D, MaxPooling2D, Flatten, Dense import pandas as pd import numpy as np import cv2 import os # 构建模型 model = Sequential() model.add(Conv2D(32, (3, 3), activation='relu', input_shape=(80, 160, 3))) # (None, 80, 160, 3) model.add(MaxPooling2D((2, 2))) model.add(Conv2D(64, (3, 3), activation='relu')) model.add(MaxPooling2D((2, 2))) model.add(Flatten()) model.add(Dense(64, activation='relu')) model.add(Dense(62, activation='softmax')) # 36表示0-9数字和A-Z(a-z)字母的类别数 # 编译模型 model.compile(optimizer='adam', loss='categorical_crossentropy', metrics=['accuracy']) # 验证码图片加载 # 定义训练数据和标签的文件夹路径 train_data_folder = r'C:\Users\CXY\PycharmProjects\pythonProject\data\train' train_labels_folder = r'C:\Users\CXY\PycharmProjects\pythonProject\data' # 加载训练数据 train_data = [] train_labels = [] # 遍历训练数据文件夹,读取每个图片并添加到训练数据列表 for filename in os.listdir(train_data_folder): img_path = os.path.join(train_data_folder, filename) img = cv2.imread(img_path) train_data.append(img) # 遍历训练标签文件夹,读取每个标签并添加到训练标签列表 for filename in os.listdir(train_labels_folder): label_path = os.path.join(train_labels_folder, filename) label = cv2.imread(label_path, 0) # 读取灰度图像 train_labels.append(label) # 转换训练数据和标签为NumPy数组 train_data = np.array(train_data) train_labels = np.array(train_labels) # 训练模型 model.fit(train_data, train_labels, epochs=10, batch_size=32) # 保存模型 model.save('captcha_model.h5')

检查下述代码并修改错误import tensorflow as tf from tensorflow.keras.models import Sequential from tensorflow.keras.layers import Conv2D, MaxPooling2D, Flatten, Dense import pandas as pd import numpy as np import cv2 import os 构建模型 model = Sequential() model.add(Conv2D(32, (3, 3), activation='relu', input_shape=(80, 160, 3))) # (None, 80, 160, 3) model.add(MaxPooling2D((2, 2))) model.add(Conv2D(64, (3, 3), activation='relu')) model.add(MaxPooling2D((2, 2))) model.add(Flatten()) model.add(Dense(64, activation='relu')) model.add(Dense(62, activation='softmax')) # 36表示0-9数字和A-Z(a-z)字母的类别数 编译模型 model.compile(optimizer='adam', loss='categorical_crossentropy', metrics=['accuracy']) 验证码图片加载 定义训练数据和标签的文件夹路径 train_data_folder = r'C:\Users\CXY\PycharmProjects\pythonProject\data\train' train_labels_folder = r'C:\Users\CXY\PycharmProjects\pythonProject\data' 加载训练数据 train_data = [] train_labels = pd.read_csv(r'C:\Users\CXY\PycharmProjects\pythonProject\data\traincodes.csv')['code'].values 遍历训练数据文件夹,读取每个图片并添加到训练数据列表 for filename in os.listdir(train_data_folder): img_path = os.path.join(train_data_folder, filename) img = cv2.imread(img_path) train_data.append(img) # 遍历训练标签文件夹,读取每个标签并添加到训练标签列表 for filename in os.listdir(train_labels_folder): label_path = os.path.join(train_labels_folder, filename) label = cv2.imread(label_path, 0) # 读取灰度图像 train_labels.append(label) 转换训练数据和标签为NumPy数组 train_data = np.array(train_data) train_labels = np.array(train_labels) 训练模型 model.fit(train_data, train_labels, epochs=10, batch_size=32) 保存模型 model.save('captcha_model.h5')

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