cum_counts = np.cumsum(np.greater(counts, 0, dtype=np.int32))

时间: 2023-12-02 21:03:51 浏览: 68
这行代码的作用是计算一个数组中大于0的元素数量的累积和。具体解释如下: - np.greater(counts, 0, dtype=np.int32):比较数组counts中的每个元素是否大于0,返回一个由True和False组成的布尔型数组。 - np.cumsum():对数组中的元素进行累积求和,返回一个与原数组大小相同的数组。 - np.cumsum(np.greater(counts, 0, dtype=np.int32)):这里将上面两个步骤结合起来,计算了counts数组中大于0的元素数量的累积和,得到了一个新的数组cum_counts。 例如,如果counts=[1, 2, 0, 3, 0, 0, 4],则np.greater(counts, 0, dtype=np.int32)=[1, 1, 0, 1, 0, 0, 1],np.cumsum(np.greater(counts, 0, dtype=np.int32))=[1, 2, 2, 3, 3, 3, 4],因此cum_counts=[1, 2, 2, 3, 3, 3, 4]。
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counts = multinomial.Multinomial(10, fair_probs).sample((500,)) cum_counts = counts.cumsum(dim=0)

这是使用 PyTorch 中的 multinomial 函数生成 500 个样本,每个样本都是从一个大小为 10 的多项式分布中随机采样得到的。fair_probs 是一个包含每个类别出现概率的张量。cum_counts 是一个包含每个样本的累计计数的张量。在这个张量中,每一行的第 i 个元素表示前 i 个样本中第一个出现类别 j 的位置。

base_efron <- function(y_test, y_test_pred) { time = y_test[,1] event = y_test[,2] y_pred = y_test_pred n = length(time) sort_index = order(time, decreasing = F) time = time[sort_index] event = event[sort_index] y_pred = y_pred[sort_index] time_event = time * event unique_ftime = unique(time[event!=0]) m = length(unique_ftime) tie_count = as.numeric(table(time[event!=0])) ind_matrix = matrix(rep(time, times = length(time)), ncol = length(time)) - t(matrix(rep(time, times = length(time)), ncol = length(time))) ind_matrix = (ind_matrix == 0) ind_matrix[ind_matrix == TRUE] = 1 time_count = as.numeric(cumsum(table(time))) ind_matrix = ind_matrix[time_count,] tie_haz = exp(y_pred) * event tie_haz = ind_matrix %*% matrix(tie_haz, ncol = 1) event_index = which(tie_haz!=0) tie_haz = tie_haz[event_index,] cum_haz = (ind_matrix %*% matrix(exp(y_pred), ncol = 1)) cum_haz = rev(cumsum(rev(cum_haz))) cum_haz = cum_haz[event_index] base_haz = c() j = 1 while(j < m+1) { l = tie_count[j] J = seq(from = 0, to = l-1, length.out = l)/l Dm = cum_haz[j] - J*tie_haz[j] Dm = 1/Dm Dm = sum(Dm) base_haz = c(base_haz, Dm) j = j+1 } base_haz = cumsum(base_haz) base_haz_all = unlist( sapply(time, function(x){ if else( sum(unique_ftime <= x) == 0, 0, base_haz[ unique_ftime==max(unique_ftime[which(unique_ftime <= x)])])}), use.names = F) if (length(base_haz_all) < length(time)) { base_haz_all <- c(rep(0, length(time) - length(base_haz_all)), base_haz_all) } return(list(cumhazard = unique(data.frame(hazard=base_haz_all, time = time)), survival = unique(data.frame(surv=exp(-base_haz_all), time = time)))) }改成python代码

def base_efron(y_test, y_test_pred): time = y_test[:, 0] event = y_test[:, 1] y_pred = y_test_pred n = len(time) sort_index = np.argsort(time) time = time[sort_index] event = event[sort_index] y_pred = y_pred[sort_index] time_event = time * event unique_ftime = np.unique(time[event != 0]) m = len(unique_ftime) tie_count = np.asarray(np.histogram(time[event != 0])[0]) ind_matrix = np.tile(time, (n, 1)) - np.tile(time, (n, 1)).T ind_matrix = (ind_matrix == 0).astype(int) time_count = np.cumsum(np.bincount(time.astype(int))) ind_matrix = ind_matrix[time_count, :] tie_haz = np.exp(y_pred) * event tie_haz = ind_matrix @ tie_haz event_index = np.where(tie_haz != 0)[0] tie_haz = tie_haz[event_index] cum_haz = ind_matrix @ np.exp(y_pred) cum_haz = np.flip(np.cumsum(np.flip(cum_haz))) cum_haz = cum_haz[event_index] base_haz = [] j = 0 while j < m: l = tie_count[j] J = np.linspace(0, l-1, l) / l Dm = cum_haz[j] - J * tie_haz[j] Dm = 1 / Dm Dm = np.sum(Dm) base_haz.append(Dm) j += 1 base_haz = np.cumsum(base_haz) base_haz_all = np.zeros_like(time) for i, x in enumerate(time): if np.sum(unique_ftime <= x) == 0: base_haz_all[i] = 0 else: base_haz_all[i] = base_haz[np.max(np.where(unique_ftime <= x))] return {'cumhazard': np.unique(np.column_stack((base_haz_all, time)), axis=0), 'survival': np.unique(np.column_stack((np.exp(-base_haz_all), time)), axis=0)}

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