在R内读取raw基因型文件进行SNP筛选和品种分类

在R中操作SNP筛选和品种分类通常涉及读取`.ped`或`.bed`格式的数据，这里我们将以`.ped`文件为例。首先，你需要安装`plinkr`包来与PLINK数据交互，然后可以按照以下步骤进行：

1. 安装并加载`plinkr`包[^1]:

install.packages("plinkr")
library(plinkr)

2. 从`.ped`文件导入数据：

hapmap <- read_plink(file = "hapmap.ped", format = "ped")

注意，这一步假设`hapmap.ped`已经存在并且满足`.ped`格式。

3. 对SNPs进行筛选（例如保留20%随机SNPs）：

# 使用plinkr的thin功能
thinned_hapmap <- thin(plink_data(hapmap), proportion = 0.2)

4. 分类品种或群体：

# 如果ped文件中包含群体或品种标签，可以使用group_by函数进行分类
groups <- hapmap$sample_id %>% factor()
grouped_hapmap <- group_by(thinned_hapmap, groups)

现在，`grouped_hapmap`就包含了筛选后的SNPs以及对应的品种或群体分类。

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下面是一个使用defaultdict读取文件各列的示例代码：

from collections import defaultdict

def read_file(filepath, sep):
    data = defaultdict(list)
    with open(filepath, 'r') as file:
        for line in file:
            line = line.strip()
            if line:
                columns = line.split(sep)
                for i, column in enumerate(columns):
                    data[i].append(column)
    return data

# 示例用法
data = read_file('snp_params.txt', '\t')
# data是一个字典，键为列索引，值为对应列的数据列表