基因序列拼接结果统计代码

以下是一个简单的基因序列拼接结果统计代码，它使用Python编写：

# 导入必要的模块
from Bio import SeqIO
from Bio.Seq import Seq

# 定义输入文件
input_file = "input.fasta"

# 读取FASTA文件
records = list(SeqIO.parse(input_file, "fasta"))

# 将序列按照ID排序
records.sort(key=lambda x: x.id)

# 将序列拼接起来
sequences = []
for i in range(0, len(records), 2):
    # 获取两个序列
    seq1 = records[i].seq
    seq2 = records[i+1].seq

    # 拼接两个序列
    joined_seq = seq1 + seq2

    # 将拼接后的序列添加到列表中
    sequences.append(joined_seq)

# 统计拼接后的序列长度和GC含量
total_length = 0
total_gc = 0
for seq in sequences:
    total_length += len(seq)
    total_gc += seq.count("G") + seq.count("C")

# 计算平均GC含量
mean_gc = total_gc / total_length * 100

# 输出结果
print("Total number of sequences: %d" % (len(records) // 2))
print("Total length of joined sequences: %d" % total_length)
print("Mean GC content of joined sequences: %.2f%%" % mean_gc)

该代码假定输入文件是一个FASTA格式的文件，其中每个序列都由两个部分组成，分别是以“/1”和“/2”结尾的两个文件。该代码将序列按照ID排序，然后将每个序列的两个部分拼接起来。最后，它统计拼接后的序列长度和GC含量，并计算平均GC含量。