在S3上只针对A公司涉密部门VLAN10网段与总部VLAN40网段流量（ACL编号100）做端口镜像，目的端口为Gi0/24，并且监控服务器也能正常访问互联网。

在S3上实现针对A公司涉密部门VLAN10网段与总部VLAN40网段流量（ACL编号100）做端口镜像，目的端口为Gi0/24，并且监控服务器也能正常访问互联网，需要进行以下配置：

1. 创建ACL编号为100，对应的ACL规则为允许源地址为VLAN10与VLAN40网段的流量通过。

S3(config)#ip access-list extended 100
S3(config-ext-nacl)#permit ip 10.10.10.0 0.0.0.255 any
S3(config-ext-nacl)#permit ip 40.40.40.0 0.0.0.255 any

2. 配置VLAN10与VLAN40网段的接口，并应用ACL 100。

S3(config)#interface vlan 10
S3(config-if)#ip access-group 100 in

S3(config)#interface vlan 40
S3(config-if)#ip access-group 100 in

3. 配置Gi0/24接口为目的端口，并启用端口镜像。

S3(config)#interface gi0/24
S3(config-if)#monitor session 1 destination interface gi0/24

4. 配置监控服务器（假设IP地址为192.168.1.100）的路由，使其能够访问互联网。

S3(config)#ip route 0.0.0.0 0.0.0.0 192.168.1.1

其中，192.168.1.1为连接S3与互联网的网关IP地址。配置完成后，S3将会对ACL编号为100的流量进行端口镜像，镜像到Gi0/24口，同时监控服务器也能够正常访问互联网。