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geninfo: No JSON module found (tried JSON::XS Cpanel::JSON::XS JSON::PP JSON)

时间: 2023-07-31 20:08:35 浏览: 205

Geeneus:用于NCBI数据库的基于简单基本类型的API

吉尼斯概述 Geeneus是一个非常简单的Python API，用于以稳定，可编写脚本的方式且轻松地访问生物数据。在当前版本中，它可以访问蛋白质记录信息，主要是从NCBI服务器访问，但是可以回退到EBI的UniProt服务器上（并且默认情况下，NCBI无法提供所需的记录）。在未来的版本中，我们希望使用当前可用于处理蛋白质数据的可扩展后端框架和设计原理，添加类似的功能来访问遗传信息。作为简短的可用性摘要，一般的想法是创建一个管理器对象（例如ProteinMananager对象），该对象充当可查询的数据库对象。该对象具有一系列请求，可以根据蛋白质的登录号（例如GI，UniProt，RefSeq）进行查询，例如获取蛋白质名称，序列，突变，同工型等。无论系统最终查询哪个数据库（NCBI或UniProt）的行为是相同的。反过来，此管理器对象可处理100％的复杂性。最终用户不必担心解析

这个错误提示说明在运行 geninfo 命令时，无法找到 JSON 解析模块。为了解决这个问题，你需要安装一个 JSON 模块。在 Ubuntu 系统上，你可以通过以下命令安装 JSON 模块： ``` sudo apt-get install libjson-perl ``` 在 CentOS 系统上，你可以通过以下命令安装 JSON 模块： ``` sudo yum install perl-JSON ``` 安装完毕后，重新运行 geninfo 命令即可。

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