输入基因型数据CSV,1750个特征,‘columns’,2504个样本分型数据,5个分类,分类标签是group;基于随机深林算法,进行OneVsRestClassifier进行嵌入式特征选择,输出每个分类的候选特征,以及相应的十折交叉验证结果为CSV文件
时间: 2024-04-12 19:26:59 浏览: 108
您可以使用以下代码来进行特征选择并输出结果为CSV文件:
```python
import pandas as pd
from sklearn.ensemble import RandomForestClassifier
from sklearn.feature_selection import SelectFromModel
from sklearn.model_selection import cross_val_score
from sklearn.multiclass import OneVsRestClassifier
# 假设您的基因型数据保存在名为data.csv的CSV文件中,其中特征保存在'columns'列中,标签保存在'group'列中
# 从CSV文件中加载数据
data = pd.read_csv('data.csv')
features = data['columns']
labels = data['group']
data = data.drop(['columns', 'group'], axis=1) # 删除特征和标签列
# 创建随机森林分类器
rf = RandomForestClassifier(n_estimators=100)
# 创建OneVsRestClassifier
ovr = OneVsRestClassifier(rf)
# 进行嵌入式特征选择
selector = SelectFromModel(ovr)
selected_features = selector.fit_transform(data, labels)
# 获取每个分类的候选特征
feature_importances = selector.estimator_.feature_importances_
candidates = pd.DataFrame({'Feature': features, 'Importance': feature_importances})
# 进行十折交叉验证并输出结果为CSV文件
cv_scores = cross_val_score(ovr, selected_features, labels, cv=10)
results = pd.DataFrame({'Group': range(1, 6), 'CV Score': cv_scores})
results.to_csv('results.csv', index=False)
candidates.to_csv('candidates.csv', index=False)
```
请确保将基因型数据正确地保存在名为data.csv的CSV文件中,并将特征和标签的列名正确地传递给相应的变量,然后运行代码即可。结果将保存在名为results.csv和candidates.csv的CSV文件中。
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