要在Java中使用ShellExecuteEx，需要编写一个JNI库，将Java的方法映射到Windows API中的ShellExecuteEx函数。以下是一个简单的示例，演示了如何通过JNI来调用ShellExecuteEx。

在Java中利用ShellExecuteEx功能，通常需要创建一个Native Method，这是因为ShellExecuteEx是Windows API的一部分，而Java的核心API并不直接支持它。JNI (Java Native Interface)允许Java程序访问操作系统级别的功能，包括系统调用。

首先，你需要创建一个C或C++文件，例如`MyJniLibrary.c`：

#include <jni.h>
#include <shellapi.h>

JNIEXPORT void JNICALL Java_com_example_MyClass_shellExecuteEx(JNIEnv *env, jobject obj, jstring command, jstring workingDirectory, jint showCmd, jboolean wait) {
    const char* cmd = env->GetStringUTFChars(command, nullptr);
    const char* dir = env->GetStringUTFChars(workingDirectory, nullptr);

    // ShellExecuteEx结构体
    STARTUPINFO si;
    PROCESS_INFORMATION pi;

    ZeroMemory(&si, sizeof(si));
    si.cb = sizeof(si); // 初始化结构大小
    si.dwFlags = STARTF_USESHOWWINDOW; // 设置启动标志

    if (showCmd == JNI_TRUE) {
        si.wShowWindow = SW_SHOW; // 显示窗口
    } else {
        si.wShowWindow = SW_HIDE; // 隐藏窗口
    }

    if (!ShellExecuteEx(&si, NULL, cmd, NULL, dir, wait ? SW_SHOWNORMAL : SW_HIDE)) {
        // 处理错误
        env->ExceptionDescribe();
    }

    env->ReleaseStringUTFChars(command, cmd);
    env->ReleaseStringUTFChars(workingDirectory, dir);
}

然后，你需要在Java端注册这个Native Method并调用它：

public class MyClass {
    static {
        System.loadLibrary("MyJniLibrary");
    }

    native void shellExecuteEx(String command, String workingDirectory, boolean showCmd, boolean wait);

    public void executeCommand(String command, String directory, boolean showWindow, boolean waitForCompletion) {
        shellExecuteEx(command, directory, showWindow, waitForCompletion);
    }
}

// 使用示例
MyClass myClass = new MyClass();
myClass.executeCommand("notepad.exe", "C:\\Temp", true, false);