1）新建一个类，并设置相关变量2）循环三个班级3）再循环录入该班级的5名学生的序号和成绩，录入学号时判断长度，录入分值时判断是否是负数4）录入完一个班级后打印出该班级的平均分及及格人数5）当全部录入完毕后计算平均分和及格人数并显示。

在Java中，你可以创建一个名为`GradeManager`的类，它有以下几个步骤：

1. **创建类和变量**:
首先，创建一个`Student`类，包含姓名（这里假设为`name`）、学号(`id`)和分数(`grade`)作为私有变量。此外，还需要一个列表(`studentsList`)来存储每个班级的学生。

public class Student {
    private String name;
    private String id;
    private int grade;

    // 构造函数，getter和setter方法...
}

private List<Student> studentsList = new ArrayList<>();

2. **循环录入三个班级**:
使用嵌套循环，外层代表班级，内层代表学生。使用`ArrayList`的索引来表示班级内的顺序。

3. **录入学生信息**:
对于每个班级，循环五次。每次循环中，获取输入的学号和分数，检查长度和负数情况。如果不符合要求，提示用户重新输入。

4. **计算和打印班级数据**:
录入完一个班级后，计算平均分和及格人数（这里默认分数大于等于0为及格）。使用`Collections.sort()`对学生成绩排序，然后计算平均分。

// ... 省略部分代码

for (int i = 1; i <= 3; i++) {
    String className = "Class " + i;
    for (int j = 1; j <= 5; j++) {
        Scanner scanner = new Scanner(System.in);
        System.out.println("For Class " + className + ", enter student " + j + "'s ID:");
        id = scanner.next();
        if (id.length() != 3) {
            System.out.println("Invalid ID length. Please try again.");
            continue;
        }
        System.out.print("Enter grade: ");
        int grade = scanner.nextInt();
        if (grade < 0) {
            System.out.println("Negative grade detected. Ignoring this entry.");
            continue;
        }
        Student student = new Student(name, id, grade);
        studentsList.add(student);
        
        // ... 继续添加其他学生的录入操作 ...

        // 计算并打印班级数据
        double average = calculateAverageGrade(className);
        int passCount = countPassingStudents(className);
        System.out.println("Average grade of " + className + ": " + average);
        System.out.println("Number of students passing in " + className + ": " + passCount);
    }
}

// ... 省略部分代码

private double calculateAverageGrade(String className) {
    double total = 0;
    for (Student student : getStudentsOfClass(className)) {
        total += student.getGrade();
    }
    return total / studentsList.size();
}

private int countPassingStudents(String className) {
    int passCount = 0;
    for (Student student : getStudentsOfClass(className)) {
        if (student.getGrade() >= 0) {
            passCount++;
        }
    }
    return passCount;
}

5. **最后的总结**:
当所有班级的信息都录入完成后，再计算整个课程的平均分和及格人数，然后打印出来。

注意，这里只展示了基本的思路，实际代码可能需要完善异常处理和其他细节。