运行这段代码报错“ AttributeError: 'UIntSparseIntVect' object has no attribute 'ToBitString'”,该如何解决? smiles = data['SMILES'] fps = [] for smi in smiles: mol = Chem.MolFromSmiles(smi) fp = AllChem.GetMorganFingerprint(mol, 2) fps.append(fp.ToBitString()) fps_array = np.array(fps.GetNonzeroElements().values(), dtype=np.float32) fps_df = pd.DataFrame(fps_array, columns=[f'Fingerprint_{i+1}' for i in range(fps_array.shape[1])])
时间: 2024-04-22 09:27:56 浏览: 177
这个错误是由于您尝试在`UIntSparseIntVect`对象上使用了不存在的`ToBitString`属性。`ToBitString`方法只能用于二进制的位向量,而不是使用`GetMorganFingerprint`函数生成的默认稀疏向量。
为了解决这个问题,您可以直接将稀疏向量的非零元素转换为浮点数,并将其存储在一个数组中。然后,您可以将数组转换为DataFrame并进行后续处理。
以下是更新后的代码示例:
```python
import numpy as np
smiles = data['SMILES']
fps = []
for smi in smiles:
mol = Chem.MolFromSmiles(smi)
fp = AllChem.GetMorganFingerprint(mol, 2)
fps.append(fp.GetNonzeroElements())
fps_array = np.zeros((len(fps), max(max(fp.keys()) for fp in fps) + 1), dtype=np.float32)
for i, fp in enumerate(fps):
for key, value in fp.items():
fps_array[i][key] = value
fps_df = pd.DataFrame(fps_array, columns=[f'Fingerprint_{i+1}' for i in range(fps_array.shape[1])])
```
在这里,我使用了`GetNonzeroElements`方法获取稀疏向量的非零元素,并将其存储在一个列表中。然后,我创建了一个全零数组`fps_array`,并将每个非零元素的值放入相应的位置。最后,我将数组转换为DataFrame,并为每一列命名。
请注意,这里假设您已经导入了必要的库(如`numpy`)并正确安装了RDKit。
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