直接修改为正确的代码

由于您没有提供具体的上下文，我无法直接修改代码。不过，根据您提到的错误提示，看起来`summarise_all()`函数在尝试计算某列的平均值时遇到了问题。为了修正这个问题，你需要明确地指定要计算平均值的列，例如：

library(tidyverse)

phy <- spe %>%
  group_by(tax$genus) %>%
  summarise_all(sum) %>%
  rename(genus = `tax$genus`) %>%
  gather(key="Samples",value = "abun",-genus) %>%
  left_join(group,by=c("Samples"="name")) %>%
  select(grazing,depth,genus,abun) %>%
  group_by(grazing,depth,genus) %>%
  summarise(abun = mean(abun)) # 明确指定了要计算mean的列 'abun'

# 如果还有其他需要计算平均的列，请分别指定它们

如果还有其他列也需计算平均，可以为那些列添加类似`species_mean = mean(species)`这样的表达式。再次运行这段代码应该会解决问题。如果你仍然遇到问题，记得查看`rlang::last_trace()`的输出以获取更多信息。