怎么将tsv里的序列变成kmer

将tsv文件中的序列转换成kmer的方法如下：

首先，从tsv文件中读取序列数据。tsv文件通常是以制表符分隔的文本文件，其中包含序列信息。可以使用Python中的pandas库读取tsv文件，并提取其中的序列数据。

然后，确定kmer的大小。kmer是指连续的k个碱基，例如k=3时，序列"ATCG"会被分割为"ATC"和"TCG"两个kmer。

接下来，对每个读取的序列进行kmer建立。可以使用字符串切片方法，以长度为k的步长遍历序列的每个位置，提取kmer序列。将提取到的kmer序列存储到一个新的列表或文件中。

最后，将建立的kmer序列保存到文件中。可以使用Python中的pandas库将生成的kmer序列保存到新的tsv或其他文本文件中。

aaiiawwous |grw | xs
------------ | ------------- | -------------
AAAATCGCGG | ctg | aas

例如，对于上面的tsv文件中的序列"AAAATCGCGG"，假设我们选择k=3，即每个kmer的长度为3。我们可以从该序列中提取出3个kmer："AAA"、"AAT"和"ATC"。将这些kmer保存到一个新的文本文件中，每个kmer占一行。

这样，在处理完整个tsv文件中的序列数据后，最终的输出文件将包含所有序列中提取的kmer序列。