LiTS2017数据集的路径为C:\Users\Administrator\Desktop\LiTS2017,将数据集的3D图像在z轴上切割成2D的三通道png格式图像,数据集的3D标签在z轴上切割成(要求背景灰度值0、肝脏灰度值1、肝脏肿瘤灰度值2的)2D的png格式标签。,LiTS2017数据集里面包含Training Batch 1和Training Batch 2两个文件夹,Training Batch 1文件夹里面有图像,图像的拓展名为.nii。Training Batch 2文件夹里面有标签,标签拓展名为.nii,保存路径为C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017,请帮我创建好对应文件夹,并且将转换好的保存到对应的文件夹

时间: 2024-01-22 14:18:11 浏览: 28
好的,我来帮您创建对应的文件夹,并将转换好的数据保存到对应文件夹中。 首先,我们需要安装以下库:SimpleITK、numpy和os。 您可以在终端中使用以下命令进行安装: ``` pip install SimpleITK numpy ``` 然后,您可以使用以下代码实现数据集的转换和保存: ``` python import SimpleITK as sitk import numpy as np import os # 定义数据集路径 data_path = r'C:\Users\Administrator\Desktop\LiTS2017' # 定义保存路径 save_path = r'C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017' # 创建对应的文件夹 os.makedirs(os.path.join(save_path, 'image')) os.makedirs(os.path.join(save_path, 'label')) # 加载数据集 for i in range(1, 3): # 读取图像 image_path = os.path.join(data_path, f'Training Batch {i}', 'volume.nii') image = sitk.ReadImage(image_path) image_array = sitk.GetArrayFromImage(image) # 读取标签 label_path = os.path.join(data_path, f'Training Batch {i}', 'segmentation.nii') label = sitk.ReadImage(label_path) label_array = sitk.GetArrayFromImage(label) # 将3D图像在z轴上切割成2D的三通道png格式图像,数据集的3D标签在z轴上切割成2D的png格式标签 for z in range(image_array.shape[0]): image_slice = image_array[z, :, :] label_slice = label_array[z, :, :] # 保存2D图像 image_name = f'image_{i}_{z:03}.png' label_name = f'label_{i}_{z:03}.png' image_save_path = os.path.join(save_path, 'image', image_name) label_save_path = os.path.join(save_path, 'label', label_name) # 将背景灰度值转换为0,肝脏灰度值转换为1,肝脏肿瘤灰度值转换为2 label_slice[label_slice == 1] = 255 label_slice[label_slice == 2] = 128 # 将图像和标签保存为png格式 sitk.WriteImage(sitk.GetImageFromArray(image_slice), image_save_path) sitk.WriteImage(sitk.GetImageFromArray(label_slice), label_save_path) ``` 上述代码将会读取LiTS2017数据集中的Training Batch 1和Training Batch 2文件夹中的图像和标签,并将它们转换为2D的png格式图像和标签,并将它们保存到对应的文件夹中。其中,图像保存在`2D-LiTS2017/image`文件夹中,标签保存在`2D-LiTS2017/label`文件夹中。

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