hvf.info <- hvf.info[order(hvf.info$vst.variance.standardized, decreasing = TRUE), , drop = FALSE]
时间: 2023-06-14 20:02:59 浏览: 112
这一个 R 语言的代码,它的作用是对一个名为 "hvf.info" 的数据框按照 "vst.variance.standardized" 这一列从大到小进行排序。其中,"order" 函数用来返回排好序的行索引,然后这个索引被用来重新排列数据框的行。 "decreasing = TRUE" 表示按照降序排列,也就是从大到小。最后,"drop = FALSE" 表示保留数据框的维度,即使结果只有一列也不会被转化为向量。
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hvf.info <- Seurat:::FindVariableFeatures.default(count.list[[i]],selection.method='vst',verbose=FALSE)
这行代码使用了Seurat包中的FindVariableFeatures.default函数,它的作用是对单细胞RNA测序数据进行特征基因的选择,以便后续的降维和聚类分析。其中,count.list[[i]]是单细胞RNA测序数据的矩阵,selection.method='vst'表示使用Variance Stabilizing Transformation方法进行特征基因的选择,verbose=FALSE表示不输出冗长的提示信息。
emulator: handlecpuacceleration: feature check for hvf
"emulator" 是模拟器的意思。"handlecpuacceleration" 可能是用来处理 CPU 加速的功能。"feature check for hvf" 可能是检查是否支持 Hardware Virtualization Feature (HVF) 的功能。