帮我搭建具有相似度和浓度的免疫遗传算法代码
时间: 2023-08-30 16:12:36 浏览: 84
好的,为了搭建具有相似度和浓度的免疫遗传算法代码,我们需要先了解一下免疫遗传算法的基本原理和步骤。
免疫遗传算法(Immune Genetic Algorithm,IGA)是一种基于免疫系统的进化算法,其基本思想是将生物免疫系统的特性应用到优化问题求解中。IGA主要由抗体表示、克隆、变异、选择和竞争共五个环节组成。
具体来说,IGA的基本流程如下:
1. 初始化:生成一个初始的抗体群体。
2. 评价:计算每个抗体的适应值。
3. 克隆:将适应值较高的抗体克隆一定数量的副本。
4. 变异:对副本进行变异操作,以增加多样性。
5. 选择:根据适应值,选择一定数量的抗体作为下一代种群。
6. 竞争:将新一代种群与原种群进行竞争,保留适应值高的抗体。
在此基础上,我们可以添加相似度和浓度的概念,具体如下:
1. 相似度:在克隆操作中,我们可以根据抗体之间的相似度,选择克隆的数量。相似度高的抗体可以克隆更多的副本,相似度低的抗体只克隆少量的副本,以保证多样性。
2. 浓度:我们可以引入浓度的概念,用于控制种群的多样性。浓度高的种群会更加关注适应值高的抗体,浓度低的种群则更加注重多样性。
基于以上思路,我们可以编写一个简单的免疫遗传算法代码,具体如下:
```python
import numpy as np
# 定义适应值函数
def fitness_func(population):
fitness = np.sum(population, axis=1)
return fitness
# 定义克隆操作
def clone(population, fitness, similarity):
n = len(population)
clones = []
for i in range(n):
num_clones = int(fitness[i] * similarity)
for j in range(num_clones):
clones.append(population[i])
return clones
# 定义变异操作
def mutate(clones, mutation_rate):
n = len(clones)
for i in range(n):
for j in range(len(clones[i])):
if np.random.rand() < mutation_rate:
clones[i][j] = 1 - clones[i][j]
return clones
# 定义选择操作
def select(population, fitness, concentration):
n = len(population)
num_selected = int(n * concentration)
idx = np.argsort(-fitness)[:num_selected]
return population[idx]
# 定义竞争操作
def compete(population, clones, fitness):
n = len(population)
m = len(clones)
total_pop = np.vstack((population, clones))
total_fitness = np.concatenate((fitness, fitness))
idx = np.argsort(-total_fitness)[:n]
return total_pop[idx], total_fitness[idx]
# 定义主函数
def immune_genetic_algorithm(population_size, num_features, similarity, mutation_rate, concentration, num_generations):
# 初始化种群
population = np.random.randint(2, size=(population_size, num_features))
best_fitness = -np.inf
# 迭代进化
for i in range(num_generations):
# 计算适应值
fitness = fitness_func(population)
# 计算克隆数量
num_clones = np.round(similarity * fitness / np.max(fitness)).astype(int)
# 克隆操作
clones = []
for j in range(population_size):
for k in range(num_clones[j]):
clones.append(population[j])
clones = np.array(clones)
# 变异操作
clones = mutate(clones, mutation_rate)
# 选择操作
new_population = select(population, fitness, concentration)
# 竞争操作
total_pop, total_fitness = compete(new_population, clones, fitness)
population = total_pop[:population_size]
fitness = total_fitness[:population_size]
# 更新最优解
best_idx = np.argmax(fitness)
if fitness[best_idx] > best_fitness:
best_fitness = fitness[best_idx]
best_solution = population[best_idx]
# 输出结果
print("Generation %d: Best fitness = %f" % (i+1, best_fitness))
return best_solution, best_fitness
```
这段代码实现了一个简单的免疫遗传算法,并且引入了相似度和浓度的概念。在实际使用中,我们需要根据具体问题进行调整和优化。
阅读全文