我的LiTS2017数据集的路径为E:\LiTS2017。保存路径为E:\2D-LiTS2017,帮我创建保存图像与标签的文件夹,并且将转换好的数据保存到对应的文件夹。 我的LiTS2017数据集里面有命名为Training Batch 1的文件夹和命名为Training Batch 2的文件夹。Training Batch 1文件夹里面有图像,图像的拓展名为.nii。Training Batch 2文件夹里面有标签,标签拓展名为.nii。 请将我的LiTS2017数据集的3D图像切片成2D、RGB三通道的png格式的图像。数据集的3D标签变成2D单通道的png格式标签。segmentation部分中肝脏加上肿瘤在图中面积占比小于2%的切片并未保留。

时间: 2024-02-20 17:00:43 浏览: 17
好的,以下是代码实现: ```python import os import numpy as np import nibabel as nib from PIL import Image # 设置数据集路径和保存路径 data_path = "E:/LiTS2017" save_path = "E:/2D-LiTS2017" # 创建保存图像和标签的文件夹 if not os.path.exists(os.path.join(save_path, "image")): os.makedirs(os.path.join(save_path, "image")) if not os.path.exists(os.path.join(save_path, "label")): os.makedirs(os.path.join(save_path, "label")) # 读取数据集 for i in range(1, 3): data_dir = os.path.join(data_path, "Training Batch {}".format(i)) image_files = sorted(os.listdir(os.path.join(data_dir, "volume"))) label_files = sorted(os.listdir(os.path.join(data_dir, "segmentation"))) for j in range(len(image_files)): # 读取图像和标签 image_data = nib.load(os.path.join(data_dir, "volume", image_files[j])).get_fdata() label_data = nib.load(os.path.join(data_dir, "segmentation", label_files[j])).get_fdata() # 去掉肝脏和肿瘤面积占比小于2%的切片 liver_mask = label_data == 1 tumor_mask = label_data == 2 if np.sum(liver_mask) == 0 or np.sum(tumor_mask) / np.sum(liver_mask) < 0.02: continue # 将3D图像切片成2D图像 for k in range(image_data.shape[2]): # 将图像和标签转换为png格式 image = Image.fromarray((image_data[:, :, k] * 255).astype(np.uint8)).convert("RGB") label = Image.fromarray((label_data[:, :, k] * 255).astype(np.uint8)).convert("L") # 保存图像和标签 image.save(os.path.join(save_path, "image", "{}_{}.png".format(i, j * image_data.shape[2] + k))) label.save(os.path.join(save_path, "label", "{}_{}.png".format(i, j * image_data.shape[2] + k))) ``` 该代码将数据集中的3D图像切片成2D图像,并将图像和标签转换为png格式保存在指定的文件夹中。同时,它还会去掉肝脏和肿瘤面积占比小于2%的切片。

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