贝叶斯生存分析的R code

以下是使用R语言进行贝叶斯生存分析的示例代码：

首先，需要安装并加载`rstan`和`survival`包：

install.packages("rstan")
install.packages("survival")
library(rstan)
library(survival)

接下来，我们使用一个例子数据集`lung`进行分析。该数据集包含了肺癌患者的生存信息。

data(lung)

我们可以先用`survfit`函数计算出生存函数和生存曲线：

fit.surv <- survfit(Surv(time, status) ~ 1, data = lung)

然后，我们可以用`stan`函数构建模型：

stan_model <- "
data {
  int<lower=0> N; // 样本数
  int<lower=0> D; // 自变量个数
  int<lower=0> K; // 分组数
  int<lower=1, upper=K> group[N]; // 分组信息
  matrix[N, D] x; // 自变量矩阵
  vector[N] y; // 生存时间
  int<lower=0, upper=1> censor[N]; // 是否被审查
}
parameters {
  vector[D] beta; // 回归系数
  real<lower=0> sigma; // 误差标准差
  vector[K] gamma; // 分组效应
}
model {
  vector[N] lambda;
  vector[N] hazard;
  
  for (i in 1:N) {
    hazard[i] = exp(x[i] * beta + gamma[group[i]]);
    lambda[i] = hazard[i] * exp(-hazard[i] * y[i]);
    if (censor[i]) {
      target += log1m(exp(-lambda[i]));
    } else {
      target += log(lambda[i]);
    }
  }
  
  beta ~ normal(0, 1);
  gamma ~ normal(0, 1);
  sigma ~ cauchy(0, 1);
}
"

解释一下：我们用`data`块来定义所需的数据，包括样本数、自变量个数、分组数、分组信息、自变量矩阵、生存时间和是否被审查。然后用`parameters`块定义需要估计的参数，包括回归系数、误差标准差和分组效应。最后，用`model`块定义模型，其中我们计算了每个样本的风险率和生存曲线，并使用log-likelihood函数来估计模型参数。

接下来，我们用`stan`函数来拟合模型：

stan_data <- list(N = nrow(lung), D = 1, K = 2, group = lung$sex, x = lung$age, y = lung$time, censor = lung$status)
fit <- stan(model_code = stan_model, data = stan_data, chains = 4, iter = 2000, warmup = 1000, thin = 2)

最后，我们可以用`summary`函数来查看模型的结果：

summary(fit)

这里仅提供了一个简单的示例，实际应用中需要根据数据情况来确定模型的具体形式和参数。