写一段计算fasta长度的脚本 Python

脚本如下：f = open("fasta.txt", "r")
seqs = f.readlines()for seq in seqs:
print("长度：",len(seq))f.close()

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import sys#导入sys模块 #传入参数 fasta_file = sys.argv[1] min_length = int(sys.argv[2]) #打开文件 with open(fasta_file, "r") as fasta, open("Transript.1{}.id".format(min_length), "w") as output: seq = "" for line in fasta: line = line.strip() if line.startswith(">"): if seq and len(seq) > min_length: output.write(id + "\n") id = line[1:] seq = "" else: seq += line if seq and len(seq) > min_length: output.write(id + "\n")

这段代码是一个简单的Python脚本，它接受两个命令行参数并处理一个FASTA文件。让我为你解释一下代码的功能：

1. 首先，我们导入了sys模块，以便能够使用命令行参数。
2. 接下来，我们从命令行参数中获取FASTA文件名和最小长度。
3. 然后，我们打开FASTA文件和输出文件（根据最小长度命名）。
4. 在代码的主循环中，我们逐行读取FASTA文件。
5. 如果当前行以">"开头，表示我们找到了一个新的序列标识符。我们检查前一个序列是否符合最小长度要求，并将其写入输出文件。
6. 然后，我们更新当前序列标识符，并重置序列字符串。
7. 如果当前行不是序列标识符，那么它是该序列的一部分。我们将其添加到序列字符串中。
8. 最后，在循环结束后，我们检查最后一个序列是否符合最小长度要求，并将其写入输出文件。

这段代码的作用是从给定的FASTA文件中提取满足最小长度要求的序列标识符，并将这些标识符写入输出文件。