Instance1包括VLAN10，20，而Instance3包括VLAN30,40；设置MSTP优先级，实现Instance1中SA为根交换机，在Instance3中SB为根交换机

要实现Instance1中SA为根交换机，在Instance3中SB为根交换机，可以按照以下步骤进行配置：

1. 首先，为了让Instance1和Instance3之间能够相互通信，需要将它们连接起来。可以使用一个交换机或一个路由器将它们连接起来。

2. 接下来，需要在Instance1和Instance3中分别设置MSTP实例和VLAN。

在Instance1中，可以设置两个实例（Instance1和Instance2），并将VLAN10和VLAN20分别加入到Instance1中。在Instance2中，不需要加入任何VLAN。

在Instance3中，可以设置两个实例（Instance3和Instance4），并将VLAN30和VLAN40分别加入到Instance3中。在Instance4中，不需要加入任何VLAN。

3. 然后，需要设置SA和SB的MSTP优先级。假设SA的MAC地址为00:11:22:33:44:55，SB的MAC地址为00:aa:bb:cc:dd:ee，可以按照以下命令进行配置：

在Instance1中：

spanning-tree mst configuration
instance 1 vlan 10,20
spanning-tree mst 1 priority 0
spanning-tree mst 2 priority 1

在Instance3中：

spanning-tree mst configuration
instance 3 vlan 30,40
spanning-tree mst 3 priority 0
spanning-tree mst 4 priority 1

4. 最后，需要将SA和SB所在的交换机连接的接口配置为MSTP边缘端口，以避免出现端口误判问题。可以按照以下命令进行配置：

在SA所在的交换机上：

interface GigabitEthernet 0/1
spanning-tree mst 1 port-priority 128
spanning-tree mst 2 port-priority 128
spanning-tree bpdu-guard enable
spanning-tree bpduguard enable

在SB所在的交换机上：

interface GigabitEthernet 0/1
spanning-tree mst 3 port-priority 128
spanning-tree mst 4 port-priority 128
spanning-tree bpdu-guard enable
spanning-tree bpduguard enable

这样配置完成后，Instance1中的SA将成为Instance1的根交换机，而Instance3中的SB将成为Instance3的根交换机。