LAMMPS显示一类原子的温度用什么命令

在LAMMPS中，显示一类原子的温度可以使用命令“compute”来计算，并且可以使用“thermo_style”命令将其输出到日志文件中。具体步骤如下：

1. 使用“compute”命令计算一类原子的温度。例如，假设你要计算类型为1的原子的温度，可以使用以下命令：

compute myTemp all temp/sphere type 1

其中，“myTemp”是计算的名称，“all”表示计算所有原子的温度，“temp/sphere”表示使用球体法计算温度，“type 1”表示计算类型为1的原子的温度。

2. 使用“thermo_style”命令将计算的温度输出到日志文件中。例如，假设你想将计算的温度输出到“log.lammps”文件中，可以使用以下命令：

thermo_style custom step c_myTemp
thermo_modify flush yes

其中，“custom step c_myTemp”表示在每个时间步长输出步长和计算的温度，“thermo_modify flush yes”表示在每次输出后将缓冲区中的数据立即写入文件中。

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还有一些其他的方法可以用于在LAMMPS中建立有机物，例如使用其它软件生成拓扑文件并进行转换，或者使用LAMMPS的脚本编程功能自动生成有机物拓扑。用户可以根据自己的需求和熟悉程度选择适合的方法。

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