使用d=-1的差距惩罚和得分矩阵如下 1. 最优全局比对 a.利用动态规划，在计算得分时填写表格 GAGT和ACATGT的最优全局对齐。 b.根据表格找到GAGT和ACATGT的所有最优全局对齐。 2. 最优局部对齐 a.利用动态规划，在计算得分时填写表格 GAGT和ACATGT的最优局部对齐 b.根据表格找到GAGT和ACATGT的所有最优局部对齐。 A c g t A 1 -3 -2 -3 C -3 1 -3 -2 G -2 -3 1 -3 T -3 -2 -3 1

以下是使用d=-1的差距惩罚和得分矩阵进行最优全局比对和最优局部比对的步骤和结果：

1. 最优全局比对

首先，我们需要构建动态规划表格，表格中每个元素表示对应位置的最优比对得分。表格第一行和第一列表示空字符串与对应序列的比对得分，初始化为0。在填表格时，我们需要根据上一个位置的得分和当前位置的得分矩阵中对应字符的得分来计算当前位置的得分。具体计算方式为：

当前位置的得分 = max(左边位置的得分 + 左边字符与当前字符的得分， 上方位置的得分 + 上方字符与当前字符的得分， 左上方位置的得分 + 左上方字符与当前字符的得分)

其中，左边字符与当前字符的得分表示当前字符与左边字符的匹配得分，上方字符与当前字符的得分表示当前字符与上方字符的匹配得分，左上方字符与当前字符的得分表示当前字符与左上方字符的匹配得分。

最终，表格右下角的元素即为GAGT和ACATGT的最优全局比对得分，我们可以通过回溯表格来找到所有的最优全局比对方案。

下面是填表格的过程：

- G A G T
- 0 -1 -2 -3 -4
C -1 1 -2 -3 -4
A -2 -2 2 1 -2
T -3 -3 1 -1 0
G -4 -2 -3 0 -2

最优全局比对得分为-2，有两个最优全局比对方案：

GAGT: G-AGT
ACATGT: A-CA-TGT

或者

GAGT: GA-GT
ACATGT: AC-ATGT

2. 最优局部对齐

最优局部对齐与最优全局比对类似，区别在于我们需要在表格中找到最大的局部比对得分。为了实现这一点，我们需要在计算得分时添加一个新的规则：如果计算得分小于0，则将得分置为0，表示当前位置不会被包含在最优局部比对中。最终，表格中的最大值即为GAGT和ACATGT的最优局部比对得分，回溯表格可以找到所有的最优局部比对方案。

下面是填表格的过程：

- G A G T
- 0 0 0 0 0
C 0 1 0 0 0
A 0 0 2 1 0
T 0 0 1 0 1
G 0 1 0 0 0

最优局部比对得分为2，有两个最优局部比对方案：

GAGT: GAGT
ACATGT: ACATGT

或者

GAGT: GAGT
ACATGT: ACA-TGT