TCGA-KIRC数据集构成与编号
时间: 2023-08-02 12:08:42 浏览: 236
TCGA-KIRC是由美国国家癌症研究所(NCI)的癌症基因组图谱计划(TCGA)组织收集的肾透明细胞癌样本数据集。该数据集的编号为“KIRC”。
TCGA-KIRC数据集包括了来自537个患者的肾透明细胞癌组织样本和相应的临床数据。这些样本的基因组、转录组、表观基因组和临床数据已经被测量和记录下来,并且在TCGA数据门户网站上公开发布供科学家使用。
相关问题
TCGA-BP 、TCGA-CJ、TCGA-CW、TCGA-CZ、TCGA-DV、TCGA-G6编号意思
这些编号是TCGA(The Cancer Genome Atlas)项目中用于标识不同癌症患者的样本编号。其中,TCGA-BP代表膀胱癌(Bladder Cancer);TCGA-CJ代表乳腺癌(Breast Cancer);TCGA-CW代表子宫内膜癌(Endometrial Cancer);TCGA-CZ代表肾癌(Kidney Renal Clear Cell Carcinoma);TCGA-DV代表肝癌(Liver Hepatocellular Carcinoma);TCGA-G6代表神经母细胞瘤(Neuroblastoma)。这些编号通常用于在TCGA数据库中检索和下载与特定癌症相关的遗传数据。
Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) : 不允许有重复的'row.names' In addition: Warning message: non-unique values when setting 'row.names': ‘TCGA-44-2656’, ‘TCGA-44-2662’, ‘TCGA-44-2665’, ‘TCGA-44-2666’, ‘TCGA-44-2668’, ‘TCGA-44-3917’, ‘TCGA-44-3918’, ‘TCGA-44-4112’, ‘TCGA-44-5645’, ‘TCGA-44-6146’, ‘TCGA-44-6147’, ‘TCGA-44-6775’, ‘TCGA-50-5066’, ‘TCGA-50-5946’
这个错误通常发生在尝试为数据框设置重复的行名时。在R中,行名必须是唯一的。
根据您提供的错误消息,看起来您的数据框中有重复的行名。在数据处理的步骤中,您可以尝试使用`distinct()`函数来删除重复的行,例如:
```R
# 数据处理
processed_data <- data %>%
filter(column_name == "value") %>%
distinct() %>%
group_by(category) %>%
summarise(mean_value = mean(value))
```
`distinct()`函数将删除重复的行,确保每个行名都是唯一的。然后,您可以继续进行后续的分组和汇总操作。
如果您需要保留重复的行,但仍想解决此错误,您可以使用`rownames()`函数为数据框设置唯一的行名,例如:
```R
# 设置唯一行名
rownames(data) <- make.unique(rownames(data))
```
然后,您可以继续进行数据处理和可视化操作。请记住,在进行任何更改之前,最好备份原始数据以防止数据丢失。
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