R语言KEGG功能富集

R语言中可以使用多种包进行基因功能富集分析，其中包括KEGG功能富集。以下是一个使用clusterProfiler包进行KEGG功能富集分析的样例代码：

library(clusterProfiler)
data(geneList)
gene <- names(geneList)[abs(geneList) > 1]
gene.df <- bitr(gene, fromType = "SYMBOL", toType = c("KEGG"), OrgDb = "org.Hs.eg.db")
gene <- as.character(gene.df$KEGG)
gene <- gene[!is.na(gene)]
gene <- unique(gene)
gene <- gene[gene %in% keys(org.Hs.egPATH)]
gene.sets <- gsets(gene, org.Hs.egPATH, minGSSize = 10, maxGSSize = 500)
res.kegg <- enrichKEGG(gene = gene, organism = 'hsa', pvalueCutoff = 0.05, qvalueCutoff = 0.05, keyType = 'kegg', universe = gene.sets)

其中，geneList是一个包含基因表达量数据的数据框。首先，将基因表达量数据中表达量大于1的基因筛选出来，然后将基因名转换为KEGG ID。接下来，根据KEGG ID查询KEGG数据库中的通路信息，并筛选出大于10个基因的通路。最后，使用enrichKEGG函数进行KEGG功能富集分析，并设定p值和q值的阈值为0.05，keyType为'kegg'，universe为筛选出的大于10个基因的通路集合。最终，res.kegg将包含KEGG功能富集分析的结果。