cat /public2/work/Project/shuidao/01.BWA/bam/mapfile.16 |while read i; do grep -v $i mapfile3 >mapfile16.new;done

这是一个在命令行环境下执行的shell脚本命令，它的作用是将文件mapfile.16中的每一行（以换行符为分隔符）作为参数i传给while循环，然后在mapfile3中找到不包含i的行并将其写入到mapfile16.new中。但是这个命令有一个问题，即每次循环都会重新生成mapfile16.new文件，因此最终的结果只会保留最后一次循环的结果。可能更好的实现方式是将while循环替换为awk命令，以一次性生成mapfile16.new文件。