写一个统计ORF的氨基酸长度的脚本
时间: 2023-03-24 13:03:42 浏览: 184
好的,我可以回答这个问题。以下是一个统计ORF氨基酸长度的Python脚本示例:
```python
from Bio import SeqIO
from Bio.Seq import Seq
from Bio.Alphabet import generic_dna
def count_ORF_aa_length(sequence):
"""
统计一个DNA序列中所有ORF的氨基酸长度
"""
seq = Seq(sequence, generic_dna)
aa_lengths = []
for strand, nuc in [(+1, seq), (-1, seq.reverse_complement())]:
for frame in range(3):
length =
for codon in range(frame, len(nuc)-2, 3):
if nuc[codon:codon+3] in ['ATG', 'GTG', 'TTG']:
length += 1
elif nuc[codon:codon+3] in ['TAA', 'TAG', 'TGA']:
aa_lengths.append(length)
length =
aa_lengths.append(length)
return aa_lengths
# 读取FASTA文件
record = SeqIO.read("sequence.fasta", "fasta")
# 统计ORF的氨基酸长度
aa_lengths = count_ORF_aa_length(str(record.seq))
# 输出结果
print("ORF的氨基酸长度:", aa_lengths)
```
这个脚本使用了Biopython库中的SeqIO、Seq和generic_dna模块,可以统计一个DNA序列中所有ORF的氨基酸长度。
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