将id与碱基分开 不要合到一起
时间: 2024-01-29 09:03:57 浏览: 20
好的,您可以修改代码中的output.append部分,将当前ID和序列分开添加到output列表中,如下所示:
```
# 如果是一个新的序列的id行
if line.startswith('>'):
# 如果之前已经读取了一个序列的id和序列
if current_id != '':
# 将当前的id和序列添加到输出列表中
output.append([current_id, ''.join(current_seq)])
# 重置当前id和序列
current_id = ''
current_seq = []
# 获取新的序列的id
current_id = line.strip()[1:]
# 如果是一个序列行
else:
# 将碱基添加到当前序列中
nucleotides = list(line.strip())
current_seq.append(''.join(nucleotides))
# 将最后一个序列添加到输出列表中
output.append([current_id, ''.join(current_seq)])
```
这样修改后,输出的CSV文件中第一列是序列的ID,第二列是DNA序列中的碱基,两者分别对应。
相关问题
id与第一个碱基被和到一起了,需要分开
你可以将这行代码:
```
output.append([current_id] + current_seq)
```
修改为:
```
output.append([current_id] + [' '.join(current_seq)])
```
这样在生成的 csv 文件中,每个碱基之间会用一个空格分隔开来,而不是用逗号分隔。
id与第一个碱基被分到一列了 需要分开
你可以将这行代码:
```
output.append([current_id] + [' '.join(current_seq)])
```
修改为:
```
output.append([current_id] + current_seq)
```
然后再添加一行代码:
```
output[-1][1] = ' '.join(output[-1][1].split()[1:])
```
这样就可以将 id 和第一个碱基分开了。具体来说,第一次添加序列信息到输出列表时,序列信息是一个列表,其中的每个元素是形如 "A, T, G, C" 的字符串,我们需要将这些字符串合并成一个字符串,并用空格分隔每个碱基。在添加完成后,我们可以通过 `split()` 函数将这个字符串按空格分割成一个字符串列表,然后将列表的第一个元素删除,最后再将剩余元素重新合并成一个字符串,就可以得到只包含碱基信息的字符串了。