hmmscan命令中的reference_database.hmm，是否必须是本地化的蛋白质序列信息的数据库文件？如果可以不用本地化，该如何操作

可以不用本地化的蛋白质序列信息的数据库文件，可以使用远程数据库。在hmmscan命令中，使用--tblout选项指定输出文件，然后使用--domtblout选项指定输出文件，即可将结果输出到本地文件中。同时，使用--cpu选项指定使用的CPU数量，可以加快计算速度。