写一个linux系统排队执行vasp计算任务的shell脚本,并解释每一行
时间: 2023-06-27 11:02:36 浏览: 171
以下一个简单的Linux系统排队执行VASP计算任务的shell脚本,以及每一行的解释:
```bash
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -l walltime=10:00:00
#PBS -N VASP_calculation
#PBS -q batch
cd $PBS_O_WORKDIR
for dir in $(ls -d */)
do
if [ -f $dir/INCAR ] && [ -f $dir/KPOINTS ] && [ -f $dir/POTCAR ]
then
cd $dir
mpirun -np 8 vasp > vasp.log
cd ..
fi
done
```
1. `#!/bin/bash`:指定脚本使用的shell为bash。
2. `#PBS -l nodes=1:ppn=8`:指定使用1个节点,每个节点上有8个处理器。
3. `#PBS -l walltime=10:00:00`:指定任务最长运行时间为10小时。
4. `#PBS -N VASP_calculation`:指定任务名称为“VASP_calculation”。
5. `#PBS -q batch`:指定任务提交到“batch”队列。
6. `cd $PBS_O_WORKDIR`:切换到PBS工作目录。
7. `for dir in $(ls -d */)`:遍历当前目录下的所有子目录。
8. `if [ -f $dir/INCAR ] && [ -f $dir/KPOINTS ] && [ -f $dir/POTCAR ] ]`:判断子目录中是否包含INCAR、KPOINTS和POTCAR文件。
9. `cd $dir`:切换到子目录。
10. `mpirun -np 8 vasp > vasp.log`:使用8个处理器运行VASP,并将输出重定向到vasp.log文件中。
11. `cd ..`:返回到父目录。