library(dplyr) # 读入两个csv文件 f1 <- read.csv("/Users/imac/Desktop/left_join/【1】output_summary.csv", stringsAsFactors = FALSE) f2 <- read.csv("/Users/imac/Desktop/left_join/fullnamelineage_staxids_X.csv", stringsAsFactors = FALSE) # 将f1的第一列按照;分割成多个列,只保留第一列 f1[f1 == ""] <- NA f1[, 1][is.na(f1[, 1])] <- "NA" f1_split <- data.frame(do.call("rbind", strsplit(as.character(f1[, 1]), ";", fixed = TRUE))[, 1, drop = FALSE]) colnames(f1_split) <- "staxids_X" # 在f1中添加新的列 f1 <- cbind(f1_split[, 1], f1[, -1]) f1[is.na(f1)] <- "" # 取第一个子串与f2的第一列进行比较 key <- strsplit(as.character(f1[i, 1]), ";", fixed = TRUE)[[1]][1] match_row <- f2 %>% filter(staxids_X == key) # 如果找到了匹配的行 if (nrow(match_row) > 0) { # 将右文件的后两列连接到左文件中 f1[i, 2:3] <- match_row[1, 2:3] } else { # 如果找不到匹配的行,用NA填充 f1[i, 2:3] <- NA } } # 输出结果到csv文件 write.csv(f1, "/Users/imac/Desktop/left_join/output.csv", row.names = FALSE)按照要求改一下这段代码,
时间: 2024-03-03 17:50:09 浏览: 97
好的,您的要求是将f1的第一列按照;分割成多个列,只保留第一个子串与f2的第一列进行比较,同时将匹配到的行的根和分类信息合并到f1的最后两列中,找不到匹配的行时,根和分类信息列中的值都填充为NA,并将结果输出到csv文件中。修改后的代码如下:
```
library(dplyr)
# 读入两个csv文件
f1 <- read.csv("/Users/imac/Desktop/left_join/【1】output_summary.csv", stringsAsFactors = FALSE)
f2 <- read.csv("/Users/imac/Desktop/left_join/fullnamelineage_staxids_X.csv", stringsAsFactors = FALSE)
# 将f1的第一列按照;分割成多个列,只保留第一个子串
f1_split <- f1 %>%
separate(col = V1, into = paste0("V", 1:10), sep = ";", fill = "right") %>%
select(-starts_with("V")) %>%
mutate(staxids_X = first(V1))
# 在f1中添加新的列
f1 <- cbind(f1_split[, "staxids_X"], f1_split[, -1])
# 取第一个子串与f2的第一列进行比较
for (i in 1:nrow(f1)) {
key <- strsplit(as.character(f1[i, 1]), ";", fixed = TRUE)[[1]][1]
match_row <- f2 %>% filter(staxids_X == key)
if (nrow(match_row) > 0) {
# 将右文件的后两列连接到左文件中
f1[i, c("root_x", "lineage_x")] <- match_row[1, c("root", "lineage")]
} else {
# 如果找不到匹配的行,用NA填充root_x和lineage_x
f1[i, c("root_x", "lineage_x")] <- NA
}
}
# 输出结果到csv文件
write.csv(f1, "/Users/imac/Desktop/left_join/output.csv", row.names = FALSE)
```
请注意,由于您的数据文件路径可能不同,需要根据实际情况修改文件路径。
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