Java VM: Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (25.191-b12 mixed mode linux-amd64 compressed oops)

时间: 2023-12-03 21:21:10 浏览: 235
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软件 JAVA虚拟机

好的,我明白了。您的第一个问题是关于Java虚拟机(Java Virtual Machine)的。具体来说,您想问我关于Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (25.191-b12 mixed mode linux-amd64 compressed oops)的一些问题吗?我可以为您解答。
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使用GATK的combinegvcf模块合并gvcf文件,可是到了这一步Using GATK jar /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar Running: java -Dsamjdk.use_async_io_read_samtools=false -Dsamjdk.use_async_io_write_samtools=true -Dsamjdk.use_async_io_write_tribble=false -Dsamjdk.compression_level=2 -jar /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar CombineGVCFs -R /stor9000/apps/users/NWSUAF/2008115251/genomes/ARS-UCD1.2_Btau5.0.1Y.fa --variant /stor9000/apps/users/NWSUAF/2020055419/home/xncattle/03.GVCF/01_out_GVCF/XN_22/1_XN_22.g.vcf.gz --variant /stor9000/apps/users/NWSUAF/2020055419/home/xncattle/03.GVCF/01_out_GVCF/XN_18/1_XN_18.g.vcf.gz -O /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050469/candy/bwa/gatk/Combine/chr1.g.vcf.gz 09:10:40.524 INFO NativeLibraryLoader - Loading libgkl_compression.so from jar:file:/stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar!/com/intel/gkl/native/libgkl_compression.so 09:10:50.696 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.697 INFO CombineGVCFs - The Genome Analysis Toolkit (GATK) v4.3.0.0 09:10:50.697 INFO CombineGVCFs - For support and documentation go to https://software.broadinstitute.org/gatk/ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Executing as 2022050469@node54 on Linux v3.10.0-1127.el7.x86_64 amd64 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Java runtime: Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM v1.8.0_72-b15 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Start Date/Time: July 21, 2023 9:10:40 AM CST 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Version: 3.0.1 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - Picard Version: 2.27.5 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - Built for Spark Version: 2.4.5 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Defaults.COMPRESSION_LEVEL : 2 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Defa就停止了,没有输出文件,也没有报错文件

D:\004 newCoinInfo>java -version java version "1.8.0_181" Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_181-b13) Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.181-b13, mixed mode) D:\004 newCoinInfo>echo %JAVA_HOME% D:\JDK 但是 D:\004 newCoinInfo>mvn clean package [INFO] Scanning for projects... [INFO] [INFO] ------------------------< com.example:test_reg >------------------------ [INFO] Building test_reg 0.0.1-SNAPSHOT [INFO] from pom.xml [INFO] --------------------------------[ jar ]--------------------------------- [INFO] [INFO] --- clean:3.2.0:clean (default-clean) @ test_reg --- [INFO] Deleting D:\004 newCoinInfo\target [INFO] [INFO] --- resources:3.2.0:resources (default-resources) @ test_reg --- [INFO] Using 'UTF-8' encoding to copy filtered resources. [INFO] Using 'UTF-8' encoding to copy filtered properties files. [INFO] Copying 1 resource [INFO] Copying 1 resource [INFO] [INFO] --- compiler:3.10.1:compile (default-compile) @ test_reg --- [INFO] Changes detected - recompiling the module! [INFO] Compiling 7 source files to D:\004 newCoinInfo\target\classes [INFO] ------------------------------------------------------------- [ERROR] COMPILATION ERROR : [INFO] ------------------------------------------------------------- [ERROR] No compiler is provided in this environment. Perhaps you are running on a JRE rather than a JDK? [INFO] 1 error [INFO] ------------------------------------------------------------- [INFO] ------------------------------------------------------------------------ [INFO] BUILD FAILURE [INFO] ------------------------------------------------------------------------ [INFO] Total time: 0.914 s [INFO] Finished at: 2023-07-19T18:31:17+08:00 [INFO] ------------------------------------------------------------------------ [WARNING] [WARNING] Plugin validation issues were detected in 2 plugin(s) [WARNING] [WARNING] * org.apache.maven.plugins:maven-resources-plugin:3.2.0 [WARNING] * org.apache.maven.plugins:maven-compiler-plugin:3.10.1 [WARNING] [WARNING] For more or less details, use 'maven.plugin.validation' property with one of the values (case insensitive): [BRIEF, DEFAULT, VERBOSE] [WARNING] [ERROR] Failed to execute goal org.apache.maven.plugins:maven-compiler-plugin:3.10.1:compile (default-compile) on project test_reg: Compilation failure [ERROR] No compiler is provided in this environment. Perhaps you are running on a JRE rather than a JDK? [ERROR] [ERROR] -> [Help 1] [ERROR] [ERROR] To see the full stack trace of the errors, re-run Maven with the -e switch. [ERROR] Re-run Maven using the -X switch to enable full debug logging. [ERROR] [ERROR] For more information about the errors and possible solutions, please read the following articles: [ERROR] [Help 1] http://cwiki.apache.org/confluence/display/MAVEN/MojoFailureException 报错

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