R语言下载TCGA数据库乳腺癌数据

首先，你需要在你的电脑上安装 R 语言，可从以下链接下载并安装：https://cran.r-project.org/

然后，可以使用以下代码下载TCGA数据库乳腺癌数据：

# 安装 TCGAbiolinks 包
install.packages("TCGAbiolinks")

# 加载 TCGAbiolinks 包
library(TCGAbiolinks)

# 设定你的TCGA访问令牌 (需先到TCGA官网申请令牌)
# enter your TCGA access token
my_token = Sys.getenv("TCGA_TOKEN")

# 设置你所关注的癌症类型以及数据分析类型 （具体分析类型请根据需要进行设置）
#设置数据分析类型如下：
# miRNASeq
# RNASeq (raw counts)
# RNASeq2 (normalized counts)
# RNASeqV2
# Methylation
# miRNAisoform
# RPPA
# CNV
# Mutation
# Mutation burden (UV Damage, smoking signatures…)

BRCA_data <- TCGAbiolinks::query_datas(gdcquery_cl = TCGAbiolinks::GDCquery(project = "TCGA-BRCA",
                                                                   dataType = "RNASeq2",
                                                                   file.type = "normalized_results",
                                                                   access = "open",
                                                                   legacy = TRUE),
                                     requires = TCGAbiolinks::c("SummarizedExperiment"))

# 检查病人、基因数和样本数据：
dim(BRCA_data)

这样，你可以通过 `BRCA_data` 访问到下载的数据。注意，你需要使用你自己的 TCGA 访问令牌，且你需要先申请权限。