ubuntu中docker安装GATK
时间: 2024-06-19 09:04:49 浏览: 12
在Ubuntu系统中,可以通过以下步骤安装Docker和GATK:
1. 首先,安装Docker。可以使用以下命令在Ubuntu上安装Docker:
```
sudo apt-get update
sudo apt-get install docker.io
```
2. 然后,使用Docker安装GATK。可以使用以下命令在Docker中安装GATK:
```
sudo docker pull broadinstitute/gatk
```
3. 运行GATK容器。可以使用以下命令启动GATK容器:
```
sudo docker run -it broadinstitute/gatk
```
运行该命令后,您将进入容器的交互式终端中。现在您可以在容器中运行GATK并进行分析。
相关问题
ubuntu中docker安装
在Ubuntu中安装Docker的步骤如下:
1. 更新软件包列表:
```
sudo apt update
```
2. 安装依赖包,以便可以通过HTTPS使用仓库:
```
sudo apt install apt-transport-https ca-certificates curl software-properties-common
```
3. 添加Docker的官方GPG密钥:
```
curl -fsSL https://download.docker.com/linux/ubuntu/gpg | sudo gpg --dearmor -o /usr/share/keyrings/docker-archive-keyring.gpg
```
4. 设置Docker稳定版本的仓库:
```
echo "deb [arch=amd64 signed-by=/usr/share/keyrings/docker-archive-keyring.gpg] https://download.docker.com/linux/ubuntu $(lsb_release -cs) stable" | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/docker.list > /dev/null
```
5. 更新软件包列表:
```
sudo apt update
```
6. 安装Docker Engine:
```
sudo apt install docker-ce docker-ce-cli containerd.io
```
7. 验证Docker是否安装成功,运行以下命令检查安装的Docker版本:
```
docker --version
```
8. 为了能够以非root用户身份运行Docker命令,将当前用户添加到docker用户组中:
```
sudo usermod -aG docker $USER
```
9. 重新登录或重启系统,以使用户组更改生效。
现在,你应该已经成功地在Ubuntu中安装了Docker,并可以使用Docker命令来管理容器和镜像。
ubuntu安装docker安装
要在Ubuntu上安装Docker,请按照以下步骤进行操作:
1. 首先,更新系统的软件包列表和已安装软件包。打开终端并执行以下命令:
```
sudo apt update
sudo apt upgrade
```
2. 安装Docker依赖的软件包,以及使用HTTPS通过apt使用仓库的方法:
```
sudo apt install apt-transport-https ca-certificates curl software-properties-common
```
3. 添加Docker官方的GPG密钥,以及验证指纹:
```
curl -fsSL https://download.docker.com/linux/ubuntu/gpg | sudo gpg --dearmor -o /usr/share/keyrings/docker-archive-keyring.gpg
echo "deb [arch=amd64 signed-by=/usr/share/keyrings/docker-archive-keyring.gpg] https://download.docker.com/linux/ubuntu $(lsb_release -cs) stable" | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/docker.list > /dev/null
```
4. 更新软件包列表并安装Docker:
```
sudo apt update
sudo apt install docker-ce docker-ce-cli containerd.io
```
5. 确保Docker已成功安装并正在运行:
```
sudo systemctl status docker
```
如果状态显示为"active (running)",则表示Docker已经安装并正在运行。
6. (可选) 将当前用户添加到docker用户组中,以便无需使用sudo来运行Docker命令:
```
sudo usermod -aG docker $USER
```
请注意,将当前用户添加到docker组中可能会产生安全风险。如果您不确定是否需要执行此操作,请跳过此步骤。
现在,您已经在Ubuntu上成功安装了Docker。您可以使用`docker`命令来管理和运行容器。
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