设计一个 python 程序，能够输入任意两个蛋白质序列可以计算出 两个蛋白质序列的对齐得分，并且展示这两条序列的对齐结果，其中 使用的取代矩阵为 BLOSUM62，开启空位罚分为-11，延伸空位罚分 为-1

为了设计这样一个 Python 程序，我们可以使用 BioPython 库，它包含了一个名为 `PairwiseAlign` 的功能，可以用于计算蛋白质序列的对齐得分。首先，你需要安装 BioPython，可以通过 pip 安装：

pip install biopython

接下来，你可以编写如下的 Python 代码：

from Bio import pairwise2
import numpy as np

# 加载 BLOSUM62 替换矩阵
blosum62 = pairwise2.blosum62

# 定义替换矩阵、空位罚分和延伸空位罚分
gap_penalty = -11
extend_gap_penalty = -1

def calculate_alignment_score(seq1, seq2):
    # 对齐参数设置为空位惩罚、延伸空位惩罚和替换矩阵
    align_params = {
        'score_matrix': blosum62,
        'penalty': gap_penalty,
        'extend_penalty': extend_gap_penalty,
        'open_gap_extend_penalties': (0, extend_gap_penalty),
    }
    
    # 计算对齐得分并获取最佳对齐路径
    alignment = pairwise2.align.globalms(seq1, seq2, **align_params)
    
    return alignment[0][2]  # 返回总得分

def print_alignment(seq1, seq2, alignment):
    aligned_seq1, aligned_seq2, score = alignment
    print(f"Sequence 1 ({seq1}):\n{aligned_seq1}\n")
    print(f"Sequence 2 ({seq2}):\n{aligned_seq2}\n")
    print(f"Alignment Score: {score}")

if __name__ == "__main__":
    seq1 = input("Enter protein sequence 1: ")
    seq2 = input("Enter protein sequence 2: ")

    alignment_score = calculate_alignment_score(seq1, seq2)
    alignment = pairwise2.align.globalms(seq1, seq2, **align_params)

    print_alignment(seq1, seq2, alignment)