gsea基因集从哪里下载

您可以从GSEA官方网站下载GSEA基因集。官网提供了下载功能，您可以一次性下载所有的基因集。请注意，为了使用该功能，您需要注册并登录。每个基因集都有一个特定的名称，比如C1大类中的2号染色体上的基因集的名称是chr2p。您可以在结果页面中找到每个基因集的名称、描述信息等，并选择下载的格式。此外，GSEA还提供了超基因集，比如HALLMARK_ADIPOGENESIS，它包含了多个已知的基因集。每个H类别的基因集都对应多个基础的其他类别的基因集。[1][2]

相关问题

单基因tcga gsea

基因集富集分析（Gene Set Enrichment Analysis，GSEA）是一种用于分析基因表达数据的方法，它可以帮助我们了解不同基因集在不同实验条件下的富集情况。而TCGA（The Cancer Genome Atlas）是一个癌症基因组学研究计划，旨在通过对多种癌症患者的基因组数据进行分析，以更好地了解癌症的发病机制和治疗方法。在单基因的TCGA GSEA中，我们可以针对某一个基因，在TCGA数据集中寻找与该基因相关的通路或基因集，以此来了解该基因在不同癌症类型中的富集情况。通过单基因的TCGA GSEA，我们可以了解到该基因在癌症中的生物学作用和临床意义。

gsea prerank

GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）是一种用于功能富集分析的生物信息学方法，旨在识别在基因表达数据中富集的基因集。而GSEA prerank则是GSEA方法中的一种扩展应用。

在GSEA prerank中，首先需要根据样本表达数据的差异性对每个基因进行排序，通常使用一些统计指标（例如t统计量或log2折叠变化）进行排序。然后，将已知的基因集（例如已知的生物通路或基因功能分类）从已排序的基因列表中提取出来，得到一个基因集列表。

接下来，GSEA prerank会对这个基因集列表进行分析。它通过计算每个基因集内部基因的累积秩和（accumulate ranks），来衡量基因集的富集程度。秩和的计算考虑了基因在排序列表中的位置，与其差异性相关。

最后，GSEA prerank根据计算得到的富集分数进行基因集的排序与可视化。富集分数越高，表示该基因集在样本中的表达数据中的富集程度越高。

GSEA prerank方法的优点在于，它可以使用各种不同的差异性排序方法，并且不对表达数据进行基因差异性显著性检验。由于不需要预先进行基因统计检验，GSEA prerank方法可以更好地应用于小样本数据或低差异表达的情况。

总结来说，GSEA prerank是一种使用差异性排序方法对基因集进行富集分析的生物信息学方法，可以帮助研究人员发现基因集在表达数据中的富集程度。它在功能研究、生物通路分析等领域具有广泛的应用前景。