nohup cmscan --cpu 28 -Z 2383791 -- cut_ga --rfam --nohmmonly --tblout input.tblout --fmt 2 --clanin Rfam.cm aligned.fa > output.cmscan

时间: 2023-10-04 08:06:47 浏览: 197
RAR

查看CPU参数

您的问题是关于运行`cmscan`命令的语法和参数设置。`cmscan`是一个用于在RNA家族数据库中搜索序列的工具。根据您提供的命令，以下是对每个参数的解释： - `--cpu 28`：指定使用的CPU数量为28。 - `-Z 2383791`：设置E值的阈值为2383791，用于筛选显著的结果。 - `--cut_ga`：通过去除序列中的GA结构元素来改善比对性能。 - `--rfam`：指定搜索Rfam数据库。 - `--nohmmonly`：生成完整的MSA和模型架构信息。 - `--tblout input.tblout`：将结果输出到input.tblout文件中。 - `--fmt 2`：指定输出格式为2，该格式是Rfam cmscan结果的标准格式。 - `--clanin Rfam.cm`：使用Rfam.cm文件中的信息进行clan过滤。 - `aligned.fa`：输入的序列文件。 - `> output.cmscan`：将标准输出重定向到output.cmscan文件中。 请确保在运行命令之前已经安装了cmscan和相关依赖项，并且正确指定了输入文件aligned.fa和Rfam.cm。 回答完问题后，请提出您的
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